Als die Spanier 1565 die Philippinen als ihre Kolonie beanspruchten und es somit zu Neuspanien angliederten, war der Islam noch nicht so tief verwurzelt, so dass es ihnen nicht schwerfiel, auch die muslimische Bevölkerung zum Christentum zu bekehren. Außerdem wurde die Christianisierung der Philippinen weitgehend friedlicher durchgeführt, unter anderem wurden animistische Praktiken weitgehend geduldet, von denen einige bis heute überlebt haben.
Angesichts ihrer Niederlage gegen die Spanier im Jahre 1571 konvertierten die Rajahs von Manila, Rajah Sulayman, Rajah Lakandula und Rajah Matanda zum Katholizismus. Dafür durften sie einige Privilegien behalten und wurden ins koloniale Herrschaftssystem integriert. Durch die weitgehende Einbindung der einheimischen Häuptlinge in das koloniale Herrschaftssystem entstand die soziale Schicht der principialia, die als Mittelsmänner und Nutznießer des Kolonialsystems diese über Jahrhunderte festigten.
Der andere wichtige Machtfaktor in der philippinischen Kolonie waren spanische Mönche und Priester. Aufgrund ihrer Rolle in der Missionierung und in den späteren Gemeinden waren sie oft die einzigen Spanier, die eine einheimische Sprache konnten. Sie lebten im Gegensatz zu den Kolonialbeamten, die nur auf Zeit im Lande waren, mehrere Jahrzehnte im Land. Sie wurden als Vermittler unverzichtbar und somit sehr mächtig.
Im Süden der Philippinen war der Islam zum Zeitpunkt der Ankunft der Spanier bereits tiefer verwurzelt, so dass die dortigen Moslems, von den Spaniern Moros genannt, von diesen nie völlig unterworfen werden konnten.