Landesweit betrachtet ist die christliche Religion (Katholiken 82,9 %, Protestanten 5,4 %, eigenständige philippinische Kirchen 4,9 %) auf den Philippinen am weitesten verbreitet. Etwa 5 % der Bevölkerung sind Moslems. Verglichen mit den anderen Landesteilen ist der Anteil an Moslems unter der Bevölkerung auf Mindanao besonders hoch (knapp ein Drittel muslimisch). Einzig auf den Sulu-Inseln stellen Muslime mit über 85 % die Mehrheit der Einwohner. Vor allem im Süden Mindanaos kommt es immer wieder zu bewaffneten Auseinandersetzungen zwischen Rebellen der separatistischen MNLF (Moro National Liberation Front), der islamistischen MILF (Moro Islamic Liberation Front) und Regierungstruppen. Die MNLF regiert heute die Autonomous Region in Muslim Mindanao (deutsch: autonome Region im muslimischen Mindanao), während die islamistische MILF sich weiter für einen eigenständigen Moslem-Staat einsetzt, der aus den Inseln Mindanao, Palawan, Basilan und dem Sulu-Archipel bestehen soll. Die Abu Sayyaf sind wiederum eine terroristische Gruppe, die durch Entführungen und Anschläge bekannt wurde.
Im Zuge dieser Auseinandersetzungen kommt es auch immer wieder zu terroristischen Angriffen, wie etwa den Bombenanschlägen auf den internationalen Flughafen in Davao im Frühjahr 2003 sowie auf ein Hafenterminal in Davao etwa zur selben Zeit. Beide Anschläge forderten mehrere Todesopfer. Des Weiteren kommt es immer wieder zu religiös begründeten Anschlägen auf christliche Kirchen. Aufgrund dieser Gefährdungssituation wurden u. a. vom Auswärtigen Amt in der Vergangenheit mehrmals Reisewarnungen für die Philippinen herausgegeben und es wurde insbesondere von Reisen nach Mindanao abgeraten.
Es handelt sich nur oberflächlich betrachtet um einen reinen Religionskonflikt. Eine andere der zugrunde liegenden Ursachen ist beispielsweise das von den Vereinigten Staaten durchgesetzte Landgesetz von 1903, das Christen gestattete, bis zu 23 ha Land zu besitzen, während der Landbesitz für muslimische und nichtchristliche Eingeborene auf 10 ha begrenzt war. Dieses Gesetz bildete nur einen Baustein einer andauernden systematischen Enteignungskampagne. In den 50er Jahren des 20. Jahrhunderts wurde die systematische Einwanderung christlicher Siedler nach Mindanao durch die philippinische Zentralregierung in Manila gefördert. Die muslimischen Einwohner wurden damit in ihren angestammten Gebieten zur Minderheit. Diese Faktoren führten letztlich zu einem der größten vergessenen Kriege unserer Zeit: der Bürgerkrieg auf Mindanao forderte ab den 70er Jahren des 20. Jahrhunderts bis 2002 nach Angaben der Weltbank mindestens 120.000 Opfer, die Mehrzahl von ihnen Zivilisten. Zahlreiche Versuche zu ernsthaften Friedensabschlüssen zu gelangen scheiterten bisher, unter anderem an einer fehlenden langfristigen Perspektive für die Region, die einen fairen Interessenausgleich aller Beteiligten und Betroffenen bietet.