Moldawien hat eine reiche Religionsgeschichte, die 500-jährige Kirchenarchitektur ist auch ein wichtiger Faktor für die Tourismusbranche. Während der Zugehörigkeit zur UdSSR haben sich Glauben und religiöse Riten neben althergebrachten Sitten und Bräuchen erhalten, darunter Familienbräuche und Feste. Auf dem Land sind Glaube und Traditionen viel ursprünglicher erhalten als beispielsweise in der Hauptstadt Chişinău, die bereits urban geprägt ist. Die russisch-orthodoxe Kirche und die rumänisch-orthodoxe Kirche dominieren, während katholische und jüdische Gemeinden eher Minderheiten bilden.
In den Jahren nach der Perestroika und seit der Unabhängigkeit sind in Moldawien viele alte Kirchen und Klöster, Felsenklöster, Kathedralen und kleine Dorfkirchen wieder eröffnet oder neu gegründet worden. Aber das geistliche und kirchliche Leben läuft nicht in ruhigen Bahnen. Historisch waren viele ortsfremde Religionen auf moldauischem Territorium aktiv und es gab Auseinandersetzungen zwischen der Bessarabischen Eparchie und dem Moskauer Patriarchat, die bis heute nicht gelöst sind. Daher sind viele Kirchen und Klosterkomplexe mit bis zu 1,5 Meter dicken Wänden auch wehrhaft angelegt um Schutz vor Feinden zu bieten.
Die Zahl der russisch-orthodoxen Kirchen ist in den ersten zwölf Jahren der Unabhängigkeit von 280 auf über tausend sprunghaft gestiegen. Das katholische Bistum Chişinău umfasst derzeit (Stand 2006) zehn Pfarreien mit ca. 20.000 Katholiken, die überwiegend polnischer, rumänischer und deutscher Abstammung sind. Bischof des 2001 gebildeten römisch-katholischen Bistums ist Anton Koca.