Der Pruth mündet nahe der Südgrenze Moldawiens in die Donau. Die größeren Nebenflüsse (Bîc, Reut, Botna) verlaufen großteils parallel und entwässern zum Dnister.
Die Landschaft ist flachwellig (30 bis 429 m ü. NN) und zu 80 % Kulturland, was der fruchtbaren Schwarzerde in der Steppe des Südens zu verdanken ist. Im Norden ziehen sich hügelige Ebenen mit lichten Wäldern hin. Die höchste Erhebung in Moldawien ist der Dealul Bălăneşti. Das warme, trockene Klima ermöglicht Wein- und Obstbau in großem Maßstab. Einheimische Tiere sind beispielsweise Reh, Wildschwein, Hase, Fuchs, Wolf, Wiesel, Iltis, Luchs und Nagetiere. Der zentrale Teil, umgangssprachlich als Codrii („die Wälder“) bekannt, ist überwiegend mit Eichen- und Buchenwäldern bedeckt.