Reibungspunkte zwischen den Nachbarstaaten boten in der Vergangenheit Schulden Moldawiens gegenüber den rumänischen Elektrizitätswerken sowie die kulturelle Identität der Rumänen, die in Moldawien die Mehrheit stellen. Der größte Teil Moldawiens bildete zusammen mit der heutigen rumänischen Region Moldau das Reich Stephans des Großen (siehe Fürstentum Moldau), des gemeinsamen Nationalhelden beider Staaten und war von 1918 bis 1940 erneut rumänisches Territorium.
Eine Bewegung zur Vereinigung von Rumänien und Moldawien (ohne Transnistrien) kam 1990–1992 auf; ab 1993 begann Moldawien jedoch, sich wieder von Rumänien zu distanzieren. Seit dem Staatsbesuch des rumänischen Präsidenten Traian Basescu in Chişinău im Januar 2005, sowie dem darauf folgenden Besuch des Moldauischen Präsidenten Vladimir Voronin in Rumänien haben die moldauisch-rumänischen Beziehungen einen Höhepunkt erreicht und sind zurzeit so gut wie nie zuvor. Rumänien unterstützt die Republik Moldau bei der europäischen Annäherung sowie bei der Lösung des Transnistrien-Konflikts. Rumänien plädiert für den Erhalt der territorialen Integrität des Nachbarlandes und lehnt den transnistrischen Separatismus ab.