Bei den vorgezogenen Parlamentswahlen im Oktober 2002 ging das Bündnis "Demokratische Liste für ein europäisches Montenegro", welches von der regierenden Demokratischen Partei der Sozialisten Montenegros (DPS) geleitet wurde, als Sieger hervor. Es erhielt knapp 48 Prozent der Stimmen und damit die absolute Mehrheit der Sitze im Parlament. Die Sozialistische Volkspartei (SNP), die sich für die Beibehaltung des Staatsbündnisses mit Serbien aussprach, kam mit ihrem Bündnis "Koalition für Veränderungen" auf gut 38 Prozent.
2002 bzw. 2003 kam es zwischen dem damaligen Premierminister Filip Vujanović und dem Präsidenten Milo Đukanović zu einem Ämtertausch.
Am 12. Juli 2004 beschloss die montenegrinische Regierung die Flagge Montenegros mit einer traditionellen auszutauschen, sowie die neue Staatshymne Oj svijetla majska zoro. Der Text der neuen Hymne, der für Kontroversen sorgt, stammt von Sekula Drljević und wurde 1937 verfasst.
Spitzenpolitiker der regierenden Partei DPS plädierten seit langem für die Unabhängigkeit Montenegros, was von Serbien und der Europäischen Union abgelehnt wurde. Auf massiven Druck der EU kam im Jahre 2003 eine Einigung zustande, derzufolge Montenegro bis 2006 in einem gemeinsamen Staatenbund mit Serbien verbleiben sollte, dann aber eine Volksabstimmung über die Auflösung des Staatenbundes stattfinden könne.
Am 21. Mai 2006 fand nun ein Referendum über die staatliche Unabhängigkeit Montenegros statt. Darauf hatten sich die Regierung und die Opposition nach längerem Streit geeinigt. Zuletzt nahmen beide den Vorschlag der EU an, der eine 55-Prozent-Mehrheit der Wahlbeteiligten bei einer Wahlbeteiligung von mindestens 50 Prozent für eine Unabhängigkeit erforderlich macht. Bei einer sehr hohen Wahlbeteiligung (86,3 Prozent) wurde die notwendige 55-Prozent-Mehrheit mit einem Ergebnis von 55,5 % knapp überschritten. Das letzte, im Jahr 1993 abgehaltene Referendum ging noch zugunsten eines Verbleibs bei Serbien aus. Kroatien und die UNO gratulierten bereits am Tag nach der entscheidenenden Wahl Montenegro zur Unabhängigkeit. Am 3. Juni 2006 wurde diese durch die Unabhängigkeitserklärung des montenegrinischen Parlaments vollzogen.[11]
Wahlbeobachter der OSZE bezeichneten die gesetzlichen Rahmenbedingungen für den Ablauf des Referendums als "weitgehend übereinstimmend mit internationalen Standards für Wahlvorgänge". Die Opposition bemängelte jedoch, dass das Wahlrecht mit dem Hauptwohnsitz des potentiellen Wählers verknüpft war, wodurch etwa 250.000 Montenegriner mit ständigem Wohnsitz in Serbien vom Referendum ausgeschlossen waren, bei insgesamt lediglich 484.718 registrierten Wählern.