Ruanda lässt sich im wesentlichen in drei Groß- und mehrere kleine Landschaften unterteilen: Die (süd-)östliche Senke, das zentrale Hochplateau und die Kongo-Nil-Wasserscheide bilden drei Großlandschaften.
Im Zentrum Ruandas befindet sich das zentrale Hochplateau. Es liegt zwischen 1.500 und 2.000 m hoch und erstreckt sich zwischen der Kongo-Nil-Wasserscheide und der südöstlichen Senke. Es ist von zahlreichen Wasserläufen zerschnitten und repräsentiert vor allem im Anstieg zur Kongo-Nil-Wasserscheide hin das sprichwörtliche „Land der tausend Hügel“. Aufgrund der guten Versorgung mit Oberflächenwasser und Niederschlägen sowie den gemäßigten Temperaturen und recht fruchtbaren Böden wird es seit langer Zeit intensiv landwirtschaftlich genutzt. Die ursprüngliche Waldvegetation ist ebenso lange verschwunden.
Die Virunga-Vulkane im Norden stellen die höchsten Erhebungen dar. Ihnen schließen sich das Bergland von Buberuka und das vulkanische Gebiet im Nordwesten Ruandas an. Es ist durch feuchtkühles Klima mit zum Teil extremen Regenfällen gekennzeichnet. Die vulkanischen Aschen- und Schlackenböden sind sehr fruchtbar und werden intensiv landwirtschaftlich genutzt. Hier befindet sich ein Zentrum des Kartoffelanbaus von Ruanda. Allerdings versickern vor allem in der Lava-Ebene die Wasser sehr schnell und treten erst an ihrem Rand als Quellen wieder auf.
Neben den Virunga-Vulkanen erreicht die Kongo-Nil-Wasserscheide, die sich im Westen entlang des Kivu-Sees von Nord nach Süd erstreckt, im Höhen bis zu nahezu 3.000 m, im mittleren Teil nur bis zu 1.200 m und im Süden wieder bis zu 2.700 m. Sie ist durch schroffe Schluchten und spitze Gipfel gekennzeichnet. Das Klima ist durch Steigungsregen im Osten feucht, im Westen durch Fönwinde etwas reduziert. Früher waren die Berge durch tropischen Höhenregenwald bedeckt. Dieser wurde aufgrund des Bevölkerungswachstums extrem reduziert. Bis Ende der 90er Jahre gab es noch Regenwaldreste in Gishwati (Nord), Mukura (Zentrum) und Nyungwe (Süd). Gishwati und Mukura wurden zwecks Besiedlung vor allem von rückkehrenden Langzeitflüchtlingen nach 1994 nahezu vollständig zerstört. Der Nyungwe-Wald hingegen ist noch recht ausgedehnt. In allen tropischen Hochgebirgs-Nebelwäldern leben Kleinaffen (Koloben und andere), Klein-Antilopen, früher auch Waldelefanten und zahlreiche Vogel und Kleintierarten. Die Pflanzenvielfalt ist einzigartig und groß.
Der Uferstreifen des Kivusees ist von tiefen Buchten und steilen Hängen geprägt. Durch Föhnbildung an den Westhängen der Kongo-Nil-Wasserscheide sind die Niederschläge hier geringer als auf der Ostseite des Gebirges. Das Wasser des Kivu-Sees ist etwa 23,5 °C warm. Das Klima ist durch milde Temperaturen geprägt. Auf den fruchtbaren Böden im Süden und Norden erfolgt seit langer Zeit intensiver Bodenbau; auf den weniger fruchtbaren Böden in Höhe von Kibuye (Zentrum) hingegen überwog traditionell Rinderzucht.
Der Südwesten von Ruanda (Impara und Imbo) weist zum Teil sehr fruchtbare Böden auf, die sowohl in den heißen tiefen Lagen als auch in den kühlen Bergen intensiven Bodenbau erlauben.
Die östliche und südöstliche Senke mit Höhenlagen zwischen 1.000 und 1.500 m erstreckt sich westlich der ausgedehnten Rückstausümpfe des Akageraflusses und zahlreicher Seen. Sie ist durch trockenheißes Klima, poröse Böden und Lateritkrusten sowie Buschsavanne geprägt. Klima, Böden und die starke Verbreitung der Tse-Tse-Fliege machen diese Landschaft für Bodenbau und Viehzucht wenig geeignet. Es kommt immer wieder zu ausgedehnten Trockenzeiten, die in den besiedelten Teilen zu Hungersnöten führen. Die belgische Verwaltung richtete 1934 in dem dünn besiedelten Gebiet im Osten den Akagera-Nationalpark als Wildreservat ein. Südlich und westlich davon schlossen sich Jagdgebiete und Privatranchen an. Diese Jagdgebiete sowie Teile des Akagera-Parkes wurden nach Juli 1994 für rückkehrende (sog. Langzeit-)Flüchtlinge zur Besiedelung freigegeben. In den südöstlichen Teil, den sogenannten Bugesera, waren seit Ende der 50er Jahre zunächst Tutsi aus verschiedenen Landesteilen zwangsumgesiedelt worden, später kamen Hutu z.B. aus dem Norden des Landes hinzu.
Die Niederungen der Region Mayaga entlang des Akanyaru-Flusses und seiner Papyrussümpfe waren früher den Rinderherden der Tutsi als Weidereserven in anhaltenden Trockenzeiten vorbehalten. Sie wurden erst im Laufe des 20.Jahrhunderts bodenbaulich genutzt.