Die Hochgebirge in Ruanda sind durch besondere Ökosysteme mit einzigartigen Tier- und Pflanzenarten geprägt, die durch das nebelig-feucht-kühle tropische Klima zustande kommen. Beispielsweise beherbergt der Nyungwe-Wald als einziger verbliebener Bergregenwald eine beachtliche Biodiversität mit vielen endemischen Arten.
Das Zentrum Ruanda ist schon seit langer Zeit intensiv landwirtschaftlich genutzt.
Im trocken-heißen Osten befinden sich ein Nationalpark mit Gras-Baum-Savannen, Sumpfgebieten und Seen. Der Park beherbergte bis 1994 zahlreiche und großen Herden von Zebras, Impalas, Topis sowie Wasserbüffeln, sowie andere Antilopen-Arten in kleineren Herden, wenige Elefanten sowie aus Tansania eingeflogenen Giraffen. Löwen waren zahlreich, Leoparden ebenfalls noch vorhanden. In den Gewässern lebten viele Nilpferde und Krokodile. Die Vogelfauna war sehr vielfältig. Durch den Krieg wurde der Tierbestand – vor allem der Löwen und Antilopen – sehr stark dezimiert.
Eine Besonderheit sind die wenigen noch vorhandenen Berggorillas in den Virungavulkanen. Die vom Aussterben bedrohten Berggorillas werden durch Schutzmaßnahmen (unter anderem einem Jagdverbot) geschützt. Bekannt geworden sind sie durch den Film Gorillas im Nebel, der das Leben der US-Forscherin Dian Fossey mit den Gorillas in Ruanda zeigt.