Die Staatsoberhäupter sind zwei kollegial und halbjährig amtierende – vom Parlament gewählte – „Regierungshauptleute“ oder „Regierende Kapitäne“ (Capitani Reggenti). Amtseinführung ist jeweils am 1. April und 1. Oktober eines Jahres. Vom 1. Oktober 2006 bis zum 31. März 2007 amtierten Antonio Carattoni und Roberto Giorgeti.
Die alte Institution des Arengo, ursprünglich die Versammlung sämtlicher Familienoberhäupter, übertrug ihre Machtbefugnisse später dem Consiglio Grande e Generale (Großer und Allgemeiner Rat). Heute wird die Gesamtheit der Wahlberechtigten als Arengo bezeichnet und wird zweimal pro Jahr am Sonntag nach der Amtseinführung der Capitani Reggenti einberufen. Die Bürger von San Marino haben dabei die Gelegenheit, dem Consiglio Grande Vorschläge und Gesuche von allgemeinem Interesse zu unterbreiten.
Die gesetzgebende Gewalt wird vom Consiglio Grande e Generale ausgeübt, dessen 60 Mitglieder von der Bevölkerung auf fünf Jahre gewählt werden. Er genehmigt den Staatshaushalt und ernennt die Capitani Reggenti. Die Regenten sind die Oberhäupter des Staates und der Exekutive, sie bleiben sechs Monate im Amt und werden am 1. April und 1. Oktober eines jeden Jahres feierlich eingesetzt. Nach der Wahl im Juni 2001 regierte eine Koalition aus Christdemokraten (PCDS) und Sozialisten (PSS) das Land. 2005 fusionierten die Sozialisten und die ex-kommunistischen Demokraten (PD) zur Partei der Sozialisten und Demokraten (PSD). Die Neukommunisten (RCS) und die der Friedensbewegung zuzurechnende Linkspartei Zona Franca vereinbarten ein Wahlbündnis; bei der Parlamentswahl am 4. Juni 2006 traten sie als Vereinigte Linke (Sinistra Unita) an.
Bei dieser Wahl gab es folgende Stimmverteilung (in Klammern Anzahl der Mandate):
Christdemokraten (PDCS): 32,9 % (21)
Sozialisten und Demokraten (PSD): 31,8 % (20)
Volksallianz (AP): 12,1 % (7)
Vereinigte Linke (Sinistra Unita): 8,7 % (5)
Sozialdemokraten (NPS): 5,4 % (3)
Noi Sammarinesi (NS): 2,5 % (1)
Popolari Sammarinesi: 2,4 % (1)
Nationalisten (AN): 2,3 % (1)
Sammarinesi per la Libertà (SpL): 1,8% (1)
Die Wahlbeteiligung lag bei 71,8 %. Sieben der 60 aktuellen Parlamentarier sind Frauen (Anteil: 11,7 %). Seit August 2006 regiert eine Mitte-Links-Koalition aus PSD, Volksallianz und Vereinigter Linke.
Die exekutive Gewalt liegt beim Congresso di Stato. Er besteht aus zehn Ministern (Segretari di Stato) für
Äußere und politische Angelegenheiten;
Innere Angelegenheiten und Zivilschutz;
Finanzen, Haushalt, Wirtschaftsplanung und Beziehungen zu dem staatlichen Amt für Philatelie und Numismatik (A.A.S.F.N.: Azienda Autonoma Filatelica e Numismatica);
Industrie, Handwerk und Wirtschaftskooperation, Post und Telekommunikation;
Öffentlichen Unterricht, soziale Angelegenheiten, Kultur und Justiz;
Fremdenverkehr, Handel und Sport;
Gesundheitswesen und soziale Sicherheit;
Gebiet, Umwelt und Landwirtschaft;
Arbeit und Kooperation;
Beziehungen zu den Gemeinderäten (Giunte di Castello), zu dem staatlichen Dienstleistungsunternehmen(Azienda Autonoma di Stato per i Servizi) und zu dem staatlichen Versorgungsunternehmen (Azienda Autonoma di Stato di Produzione).
Die Zusammenfassung von Kultur und Justiz mag ungewöhnlich wirken; die Justiz in San Marino ist aber praktisch vernachlässigbar. Selten ist überhaupt mehr als eine Person inhaftiert.
Die judikative Gewalt geht vom Consiglio dei XII (Rat der 12) aus. Er wird vom Consiglio Grande e Generale für die Dauer einer Legislaturperiode gewählt und ist ein verwaltungsrechtliches Organ sowie die höchste gerichtliche Instanz der Republik. Zwei Beauftragte der Regierung (Sindaci di Governo) vertreten den Staat vor Gericht sowie in Streitigkeiten über Finanz- und Vermögensangelegenheiten.
Das Staatsgebiet von San Marino ist in neun Castelli (Gemeinden) unterteilt, die den alten Kirchspielen entsprechen. Jedes Castello hat einen von den Einwohnern gewählten Gemeinderat (Giunta) unter dem Vorsitz eines auf fünf Jahre gewählten Capitano.
Die Gewerkschaften sind im Dachverband Centrale Sindacale Unitaria organisiert.
Die Republik San Marino unterhält derzeit diplomatische und konsularische Beziehungen zu über siebzig Staaten. Die diplomatischen Vertretungen der Republik im Ausland haben meist den Rang von Konsulaten oder Generalkonsulaten (z. B. das Generalkonsulat in Frankfurt am Main, ein Honorarkonsulat in München).
San Marino ist Mitglied zahlreicher internationaler Organisationen, darunter der UNO, der UNESCO, des Europarats, des Internationalen Währungsfonds (IWF), des Internationalen Gerichtshofes, der Weltgesundheitsorganisation (WHO), der Welttourismusorganisation und selbst der Internationalen Walfangkommission. Die Republik unterhält auch offizielle Beziehungen zur Europäischen Union - wenngleich sie kein Mitgliedstaat der EU ist - und nimmt an der Konferenz für Sicherheit und Zusammenarbeit in Europa teil.
Die Beziehungen zwischen San Marino und Deutschland sind frei von Problemen. Der deutsche Botschafter in Italien ist auch in San Marino akkreditiert; der Staatssekretär im san-marinesischen Staatssekretariat für Äußeres ist als Botschafter in Berlin akkreditiert. Die konsularischen Beziehungen werden vom deutschen Generalkonsulat in Mailand wahrgenommen. Eine besondere politische Bedeutung für Deutschland erlangt San Marino durch die wohlwollende Unterstützung, die es deutschen Kandidaten im Zusammenhang mit Wahlen zu den verschiedensten Gremien im Bereich der Vereinten Nationen gewährt. Außenwirtschaftlich wird San Marino statistisch Italien zugeordnet; gesonderte Daten zu den Handelsbeziehungen zwischen den Ländern liegen daher nicht vor.