Am 16. Juli 2003 kommt es zu einem Militärputsch unter Führung von Major Fernando Pereira.
Der Präsident Fradique de Menezes befindet sich zu dieser Zeit auf Staatsbesuch in Nigeria, daher werden von den Putschisten nur die Premierministerin sowie einige andere Minister festgenommen. Schon am nächsten Tag kündigen die Putschisten eine Übergangsregierung und Neuwahlen an. Als Grund für den Putsch wurde von den Putschisten die unsichere politische Lage auf der Insel angegeben, die durch Ölfunde einige Jahre zuvor und die dadurch entstandene Streitereien entstanden war. Nach acht Tagen wird der Militärputsch auf Druck der internationalen Gemeinschaft unblutig beendet. In einem "Memorandum of Understanding" wird eine stärkere Beteiligung der Bevölkerung an wichtigen Regierungsentscheidungen zugestanden. Es kommt zu einer Regierungsumbildung unter Verbleib der Premierministerin, aber Auswechslung von sieben Ministern.