Seit den Anschlägen auf das World Trade Center in New York im September 2001 sieht sich Saudi-Arabien verstärkt Vorwürfen ausgesetzt, terroristische Gruppierungen zu unterstützen. Von den 19 Attentätern des 11. September stammten 15 aus Saudi-Arabien. Halboffizielle Stiftungen und Mitglieder der königlichen Familie stehen zudem im Verdacht, al-Qaida finanziell gefördert zu haben. Gelder aus Saudi-Arabien fließen auch an extremistische Vereinigungen wie die Hamas-Bewegung in Israel/Palästina.
Während des dritten Golfkrieges (2003) verweigerte Saudi-Arabien den USA die Nutzung ihrer Militärstützpunkte auf saudischem Boden, was zu einer weiteren Abkühlung des Verhältnisses zu den USA geführt hat. Das Hauptquartier der US-Truppen wurde deshalb nach Katar verlegt.