Zwei grosse Flüsse Europas, der Rhein und die Rhône, haben ihren Ursprung in der Schweiz. Beide entspringen im Gotthardmassiv. In der Schweiz befinden sich mehrere Wasserscheiden.
Der Rhein fliesst bei Reichenau im Kanton Graubünden aus Vorder- und Hinterrhein zusammen, wobei nur der Vorderrhein tatsächlich dem östlichen Gotthardmassiv entspringt. Der Hinterrhein entspringt im weiter südlich gelegenen Rheinwald, in der Nähe des San-Bernardino-Passes an der Grenze zum Tessin. Der Rhein fliesst von Reichenau in nördlicher Richtung durch das Rheintal und bildet die Grenze zum Fürstentum Liechtenstein und dem österreichischen Bundesland Vorarlberg bis in den Bodensee. Bei Konstanz verlässt er den Bodensee in westlicher Richtung und bildet zu einem grossen Teil die Grenze zu Deutschland (der grösste Teil des Kantons Schaffhausen und ein Teil des Kantons Basel-Stadt befinden sich nördlich des Rheins). Kurz nach Schaffhausen (Neuhausen) befindet sich der grösste Wasserfall Mitteleuropas, der Rheinfall (siehe Bild). Im weiteren Verlauf durchquert er die Stadt Basel und verlässt die Schweiz daraufhin in Richtung Norden, bis er schliesslich in die Nordsee mündet.
Die Rhône entspringt auf der westlichen Seite des Gotthardmassivs (Rhônegletscher) und fliesst durch den Kanton Wallis in den Genfersee. Am westlichen Seeende fliesst die Rhône durch die Stadt Genf, verlässt kurz darauf die Schweiz und mündet ins Mittelmeer.
Mit Ausnahme der Engadiner und Tessiner Gewässer münden alle Gewässer der Schweiz in den Rhein oder die Rhône. Der Inn entspringt südlich von St. Moritz (Maloja) im Engadin (Graubünden). Er fliesst durch Silser- und Silvaplanersee in Richtung Osten und verlässt die Schweiz bei Vinadi. Er passiert die bekannten Tiroler Städte Landeck und Innsbruck und mündet im bayerischen Passau in die Donau, welche ins Schwarze Meer mündet. Der Namensgeber des Kantons Tessin (ital. Ticino), der Ticino, entspringt im südlichen Gotthardmassiv und fliesst gen Süden durch die Nordhälfte des Kantons in den Lago Maggiore und verlässt damit die Schweiz. Er mündet schliesslich in den Po, der ins Mittelmeer mündet.
Innerhalb der Schweiz hat der Rhein mit 375 km den längsten Lauf, gefolgt vom Rhein-Zubringer Aare mit 295 km (die Aare entspringt wie die Rhône im westlichen Gotthardmassiv, allerdings im nordwestlichsten Teil). Die Rhône hat eine Länge von 264 km innerhalb der Schweiz.
Im nördlichen Gotthardmassiv entspringt zusätzlich der aus der Schweizer Geschichte bekannte Fluss Reuss, welcher in den Vierwaldstättersee, durch Luzern und schliesslich zusammen mit der aus Zürich kommenden Limmat in die Aare fliesst. Der wohl bekannteste Fluss des Jura ist der Doubs, der in Frankreich entspringt, nach Norden fliesst und teils die schweizerisch-französische Grenze bildet, teils auf Schweizer Boden fliesst. Im Kanton Jura macht der Doubs einen Richtungswechsel und fliesst in südwestlicher Richtung in die Saône.