Von den Schweizer Bürgern sind 41 % katholisch, 40 % reformiert, 2.5 % in Freikirchen, 5.5 % gehören zu anderen Religionsgemeinschaften und 11 % sind ohne Religionszugehörigkeit. Von den Ausländern in der Schweiz sind 44 % römisch-katholisch, 5 % evangelisch-reformiert, 17 % orthodox, 18 % islamisch, und 2 % ohne Bekenntnis.
Es ist den Kantonen überlassen, ob sie ausgewählten Religionsgemeinschaften einen besonderen Status als Landeskirche verleihen wollen. In den meisten Kantonen haben die Römisch-Katholische Kirche und die Evangelisch-Reformierte Kirche, in einigen Kantonen zusätzlich die Christkatholische Kirche diesen Status inne. In einigen Westschweizer Kantonen gibt es keine Landeskirchen, weil dort Kirche und Staat vollständig getrennt sind.
Die Einwohner der Kantone Zürich, Bern, Basel, Schaffhausen, Genf, Waadt und Appenzell Ausserrhoden waren noch zu Beginn des 19. Jahrhunderts praktisch ausschliesslich reformiert. Diejenigen der Kantone Freiburg, Wallis, Jura, Solothurn, Luzern, Ob- und Nidwalden, Uri, Schwyz, Zug, Appenzell Innerrhoden und Tessin fast nur katholischen Glaubens. Konfessionell gemischt waren die Kantone Glarus, Aargau, St. Gallen, Graubünden. Die Verteilung der Konfessionen war das Resultat der Anwendung des Territorialprinzips bei der Wahl der Konfession nach den Religionskriegen des 16. Jahrhunderts. Parität, d.h. gleichzeitiges Vorhandensein beider Konfessionen war die Ausnahme, so im Toggenburg, in Teilen der Untertanengebiete der Eidgenossenschaft (Aargau, Thurgau, Echallens) und in einigen Gemeinden Graubündens und Glarus.
Die Christkatholische Kirche ist nur in Teilen der Nordwestschweiz von Bedeutung. Mit 0.33 % ist der Buddhismus in der Schweiz stärker vertreten als in anderen Ländern Europas. Es existieren in der Schweiz rund doppelt so viele Moscheen und buddhistische Tempel wie in Deutschland. Auch Synagogen existieren in mehreren Orten in der Schweiz.