Die Kelten (seit dem 5. Jahrhundert v. Chr.) im Gebiet der heutigen Slowakei wurden im ersten nachchristlichen Jahrhundert von den germanischen Quaden abgelöst. Die Slowakei war dann ein germanisches Gebiet an der Grenze des Römischen Imperiums (1.–5. Jahrhundert), auf dem sich zahlreiche römisch-quadische Kriege abspielten. Um 500 kamen die slawischen Vorfahren der heutigen Slowaken. Im 7. Jahrhundert war die Slowakei Teil des Hauptgebietes des Reiches des Samo, im 8. Jahrhundert entstand hier das Neutraer Fürstentum, das 833 Bestandteil des Hauptgebietes Großmährens wurde. Im 11. Jahrhundert wurde das Gebiet der heutigen Slowakei Bestandteil des Königreichs Ungarn, das seinerseits seit 1526 Bestandteil der österreichischen Monarchie und 1867 Bestandteil von Österreich-Ungarn wurde. Im 16. und 17. Jahrhundert bestand das Königreich Ungarn vorübergehend nur aus der heutigen Slowakei und dem Burgenland (sowie Teilen Nordwestungarns und Westkroatiens), weil die übrigen Gebiete von den Osmanen besetzt waren (dies betrifft vor allem das heutige Ungarn).
1918 bildeten die Slowaken zusammen mit den Tschechen die Tschechoslowakei, die auch ein Gebiet entlang der Grenze zu Ungarn umfasste, in dem noch heute eine ungarische Mehrheit lebt (gleichzeitig blieben slowakische Sprachinseln in Ungarn). Die Slowakei wurde erstmals 1939 bis 1945 vorübergehend selbstständig (faktisch ein Satellitenstaat Großdeutschlands). Danach wurde sie wieder Bestandteil (seit 1969 eine Teilrepublik) der Tschechoslowakei.
Nach dem Zusammenbruch des kommunistischen Systems hatte die föderative Tschechoslowakei aufgrund von abweichenden Interessen der beiden Teilrepubliken nur noch für kurze Zeit Bestand. In den ersten freien Wahlen setzte sich die Bewegung «Öffentlichkeit gegen Gewalt» (VPN) unter Vladimír Mečiar durch. Mečiar wurde anschließend zum ersten frei gewählten Ministerpräsidenten der Slowakei. Am 23. April 1991 wurde er vom Parlament abgesetzt und durch Ján Čarnogurský (KDH) ersetzt. Mečiar verließ daraufhin die VPN und gründete die «Bewegung für eine demokratische Slowakei» (HZDS), die im Juni 1992 die Parlamentswahlen gewann. In Verhandlungen mit der tschechischen Teilrepublik einigten sich beide Seiten auf eine Teilung der Föderation in zwei unabhängige Staaten zum 1. Januar 1993. Die Teilung erfolgte einvernehmlich und friedlich.
1994 wurde Mečiar wegen Streitigkeiten innerhalb seiner eigenen Partei wieder vom Parlament abgesetzt und durch eine Regierung der Oppositionsparteien unter J. Moravčík ersetzt. Die vorgezogenen Neuwahlen im Herbst 1994 gewann jedoch wieder Mečiars HZDS. In den darauffolgenden Jahren drohte die Slowakei unter Mečiar in die politische Isolation abzurutschen.
1998 gewann zwar wieder Mečiars Partei die Neuwahlen, da sie jedoch nicht in der Lage war Koalitionspartner für die Regierung zu finden, stellte die «Slowakische Demokratische Koalition» (SDK) unter Mikuláš Dzurinda die neue Regierung. Diese Situation (Mečiar Wahlsieger, Dzurinda Regierungschef) wiederholte sich bei den darauffolgenden Wahlen von 2002. Dzurindas Koalition bestand bei den Wahlen von 2002 allerdings bereits aus anderen Parteien und trug den Namen «Slowakische Demokratische und Christliche Union» (SDKÚ). Die erste Dzurinda-Regierung schaffte es, die Slowakei zurück in den Kreis der ersten EU- und der zweiten NATO-Beitrittsländer zu bringen. 2000 begannen die EU-Beitrittsverhandlungen, die am 1. Mai 2004 in der EU-Mitgliedschaft mündeten.
Im Juni 2006 fanden in der Slowakei vorgezogene Neuwahlen statt. Sie wurden notwendig, nachdem Dzurindas Regierungskoalition die Parlamentsmehrheit verloren hatte, da sie sukzessive von den Parteien ANO (Allianz des neuen Bürgers) und KDH (Christlich-demokratische Bewegung) verlassen wurde. Die KDH verließ die Koalition Anfang Februar 2006, da ihr Anliegen, dass die Slowakei mit dem Vatikan einen internationalen Vertrag über einen (katholischen) „Gewissensvorbehalt“ für Bürger der Slowakei abschließe, von Dzurinda abgelehnt wurde. Die Wahlen endeten mit einem Sieg des bisherigen Oppositionspolitikers Robert Fico und seiner Partei SMER-SD (Richtung - Sozialdemokratie). Die Partei Mikuláš Dzurindas, die SDKU, wurde zweitstärkste Fraktion, es war ihr aber nicht mehr möglich, eine regierungsfähige Koalition zu bilden. Eine Woche nach der Wahl schloss Fico mit den Parteien HZDS unter Expremier Vladimir Mečiar und SNS (Slowakische Nationalpartei) unter Ján Slota einen Koalitionsvertrag. Umgehend wurde die SMER vorläufig aus der Europäischen Sozialdemokratischen Partei ausgeschlossen, da vor allem das Koalieren mit der SNS, die sich unter Slota mit rassistischen Äußerungen über Roma und Ungarn hervorgetan hatte, nicht ihren demokratischen Werten entspreche. Fico kündigte die Hebung der Sozialleistungen und die Senkung des Umsatzsteuersatzes für bestimmte Waren an. Bis jetzt haben im Wesentlichen Rentner eine spezielle „Weihnachtsrente“ erhalten, die Umsatzsteuer für Medikamente wurde gegenüber dem (sonst strikten) Einheitssteuersatz gesenkt. Ferner wurden die von der Dzurinda-Regierung eingeführten Barzahlungen beim Arzt wieder abgeschafft, die Rezeptgebühr wurde gesenkt, die von der Dzurinda geplante Privatisierung von einigen Krankenhäusern wurde vorerst ausgesetzt und Gehaltserhöhungen für (die seit Jahren unterbezahlten) Ärzte und Lehrer stehen an. Diese Maßnahmen sollen einerseits durch das derzeit starke BIP-Wachstum (12 % p.a. werden im 1. Quartal 2007 erwartet), andererseits durch Sparmaßnahmen im öffentlichen Sektor finanziert werden (Regierungsbeamte sollen demnächst massenweise entlassen werden).
Im wirtschaftlichen Bereich übersteigt indessen das Wirtschaftswachstum sämtliche Erwartungen, 2005 erreichte es 6% und im 3. Quartal 2006 9,8% (ohne dass die Produktion des PKW-Produzenten Kia bereits begonnen hätte).