Bei dem am 17. und 18. Mai 2003 durchgeführten Referendum zum EU-Beitritt stimmten 92,46 % der Slowaken für ein Ja. Die Wahlbeteiligung, schon vor der Wahl als Knackpunkt gefürchtet, lag bei 52,15 % der 4,2 Millionen Wahlberechtigten und machte damit die Abstimmung gültig. Mit der NATO-Osterweiterung am 29. März 2004 wurde die Slowakei Mitglied der NATO. Am 1. Mai 2004 wurde sie auch Mitglied der EU.
Bei der ersten Runde der Präsidentenwahl wurde am 3. April 2004 erwartungsgemäß kein Kandidat gewählt. Auf dem ersten Platz landete mit 32,73 % der umstrittene frühere Ministerpräsident Vladimír Mečiar, auf dem zweiten überraschend sein früherer Mitstreiter Ivan Gašparovič, der 22,28 % der Stimmen erhielt. Laut Umfragen sollte der Außenminister Eduard Kukan auf dem zweiten Platz landen, er erhielt aber lediglich 22,09 % und konnte so nicht an der Stichwahl teilnehmen. Der bisherige Präsident Rudolf Schuster kam nur auf 7,24 %. In der Stichwahl am 17. April 2004 setzte sich dann Gašparovič gegen Mečiar mit etwa 60 % der Stimmen durch. Bei der Europawahl 2004 lag die Wahlbeteiligung bei 16,66 %.
Anfang Juni 2006 fanden in der Slowakei die Parlamentswahlen statt, aus der die sozialdemokratische Partei SMER unter Robert Fico als Sieger hervorging. Robert Fico löst den Regierungschef Mikulas Dzurinda von der Demokratischen und Christlichen Union (SDKU) ab.