Mangelernährung und Infektionskrankheiten sind in Somalia verbreitet. 70 % der Bevölkerung haben keinen Zugang zu sauberem Trinkwasser und medizinischer Versorgung. Die Müttersterblichkeit liegt bei 1600 auf 100.000 Geburten und ist die dritthöchste der Welt.[6]
Am 8. März 2004 begann die erste landesweite Kampagne gegen die Beschneidung, welche in Somalia an etwa 95 %[7] der Mädchen vorgenommen wird. Der Präsident der Übergangsregierung, Abdikassim Salat Hassan, sprach dabei von einem Verbrechen gegen die Religion und gegen die Menschlichkeit. Es war das erste Mal, dass ein prominenter Politiker in Somalia offen über das tabuisierte Thema sprach.
Am 26. Oktober 2005 veröffentlichten islamische Geistliche in Mogadischu eine Fatwa, die sich gegen die Mädchenbeschneidung richtet. Darin wird die in Afrika weit verbreitete traditionelle Praxis als „unislamisch“ verurteilt. Scheich Nur Barud Gurhan, der stellvertretende Vorsitzende der Dachorganisation somalischer Geistlicher, setzte die Beschneidung mit einem Mord gleich. Zur Durchsetzung wird die Fatwa wohl angesichts der Lage im Land kaum kommen.[8]
Somalia hat im afrikanischen Vergleich eine sehr niedrige Rate an Aids-Infizierten. Sie liegt zwischen 0,9 bis 2 Prozent der Bevölkerung.