Dadurch eskalierte der Konflikt zwischen Tamilen und Singhalesen ab 1983. Die radikalen Liberation Tigers of Tamil Eelam (LTTE), die den unabhängigen Tamilenstaat fordern, erhielten starken Zulauf. 1986 eroberten die Milizen der LTTE die fast ausschließlich von Tamilen bewohnte Jaffna-Halbinsel und weite Teile der Nordzentral- und der Ostprovinzen, die hauptsächlichen Siedlungsgebiete der Tamilen. Die Entsendung indischer Friedenstruppen mit UN-Mandat unter Zustimmung der Regierung Sri Lankas im Juni 1987 stieß auf Ablehnung der LTTE, wodurch die Kämpfe sich ausweiteten. Durch häufiges Fehlverhalten machten sich die indischen Truppen zudem bei beiden Konfliktparteien unbeliebt, so dass es sogar zur Zusammenarbeit zwischen der srilankischen Regierung und den Rebellen (mitsamt verdeckten Waffenlieferungen) kam, um die Friedenstruppe zu vertreiben. Nach zwei Jahren zogen sich die indischen Truppen zurück, ohne dass der Konflikt gelöst worden war.
Mitte der 1990er eskalierten die Auseinandersetzungen zwischen Singhalesen und Tamilen erneut, als Regierungstruppen im Dezember 1995 die Jaffna-Halbinsel zurückeroberten. Im November 1999 lancierten die Liberation Tigers eine Großoffensive im zentralen Norden des Landes, ehe im Februar 2002 ein Waffenstillstand zwischen der srilankischen Regierung und den tamilischen Rebellen geschlossen wurde. Dem folgten Friedensverhandlungen zwischen Singhalesen und Tamilen in Genf, die aber im Februar 2006 scheiterten. Durch ihr brutales Vorgehen, z. B. den Einsatz von Selbstmordkommandos (Black Tigers), haben sich die LTTE viele ausländische Sympathien verspielt und werden von der EU und den USA mittlerweile als terroristische Vereinigung angesehen.
Im Juli 2006 hat ein Anführer der Tamilen-Rebellen den Waffenstillstand für nichtig erklärt. Nach Schätzungen des Roten Kreuzes flüchteten Anfang August 20.000 bis 30.000 Menschen aus der überwiegend von Moslems bewohnten Stadt Mutur, wo der Bürgerkrieg wieder aufflammt. Im August verschärften sich die Gefechte massiv. Alleine am 12. August wurden weit über 200 Menschen getötet, darunter ein ranghoher Vermittler im Friedensprozess.[1] Auch im August war der Zugang zur Krisenregion durch ausländische Helfer erschwert, Lebensmittel waren knapp.[2]
Im März 2007 stand Sri Lanka kurz vor einem Kriegsausbruch, nachdem die Armee im Januar eine Großoffensive gegen die LTTE startete. Etwa 150.000 Menschen flüchteten.[3]