Die Vegetation reicht von spärlichstem Pflanzenwuchs in den nördlichen Wüsten und Halbwüsten über Dornstrauchsavannen in der Sahelzone, Trocken- und Feuchtsavannen mit Hochgras bis zu Regenwaldgebieten im äußersten Südwesten. Der Waldbestand hat zwischen 1990 und 2000 um 1,4 Prozent abgenommen[5]. Im Sumpfgebiet des Sudd sind Schilfgräser, Papyrus und Wasserhyazinthen dominierend, die durch ihr schnelles Wachstum die Schiffbarkeit einschränken. Die vielfältige Tierwelt umfasst vor allem in Zentral- und Südsudan Elefanten, Büffel, Giraffen, Antilopen, Hyänen, Löwen, Flusspferde und Krokodile sowie zahlreiche Greif- und Wasservögel.