Darfur wurde 2003 zum Schauplatz einer blutigen Rebellion gegen die arabisch-dominierte sudanesische Regierung mit zwei schwarzafrikanischen Rebellengruppen – der sudanesischen Befreiungsarmee (Sudan Liberation Army, SLA) und der Bewegung für Gerechtigkeit und Gleichheit (Justice and Equality Movement, JEM), die die Regierung beschuldigen, Afrikaner zugunsten der Araber zu unterdrücken. Im Gegenzug begann die Regierung einen Feldzug mit Luftbombardements und Bodenangriffen, durchgeführt von einer arabischen Miliz, den Dschandschawid. Die sudanesische Regierung wies jedoch eine Mitschuld an den Verbrechen der Milizen in Darfur zurück. Am 8. April 2004 wurde aufgrund des internationalen Drucks ein Waffenstillstandsabkommen geschlossen, für dessen Einhaltung die Friedensmission African Union Mission in Sudan (AMIS) mit logistischer Unterstützung der NATO sorgen sollte.
Im September 2005 kam es allerdings zu neuen Kämpfen in der Region. Hintergrund waren die am 15. September wieder aufgenommenen Friedensgespräche in Abuja. Eine Splittergruppe der SLA boykottierte die Verhandlungen und überfiel Hilfslieferungen und Regierungsgebäude. Am 29. September starben 30 Personen nach Attacken der Dschandschawid auf ein Flüchtlingslager in Nord-Darfur, am 9. Oktober entführte eine Fraktion der JEM 38 AMIS-Soldaten, die später wieder freigelassen wurden. SLA-Rebellen töteten am 7. Oktober vier Soldaten der AMIS-Friedenstruppe, die nur über einen Beobachterstatus verfügen und nicht einmal bei Vergewaltigungen einschreiten dürfen. Ein von der Menschenrechtsorganisation Human Rights Watch am 12. Dezember veröffentlichter Bericht erneuerte die bereits seit 2004 erhobenen Vorwürfe gegen die sudanesische Regierung, bis in die höchsten Ebenen in Planung und Durchführung der Kriegsverbrechen in Darfur verwickelt zu sein, was von der Regierung zurückgewiesen wurde. Seit März 2005 ermittelt der Internationale Strafgerichtshof (ICC) gegen Kriegsverbrecher im Darfur-Konflikt.
Anfang Februar 2006 intensivierten sich die bewaffneten Auseinandersetzungen erneut. Der Befehlshaber der AMIS-Mission machte die Rebellenbewegungen hierfür verantwortlich. Sie hätten durch Angriffe auf die beiden in Regierungshand befindlichen Städte Shearia und Golo Gegenangriffe der Dschandschawid auf Flüchtlingslager ausgelöst. Als Reaktion auf diese Angriffe hatten bis zu 70.000 Personen die Flüchtlingslager verlassen. Nach unabhängigen Angaben waren es jedoch weiterhin hauptsächlich die mit der sudanesischen Regierung verbündeten Milizionäre, die gegen Flüchtlinge und die ausländischen Hilfsorganisationen vorgingen. Am 5. Mai 2006 unterzeichnete die sudanesische Regierung und die bedeutendere Fraktion der Sudan Liberation Army (SLA) unter Minna Minnawi ein Friedensabkommen in Abuja[12][13]. Die andere Fraktion der SLA unter Abdelwahid al-Nur und die Bewegung für Gleichheit und Gerechtigkeit (JEM) lehnen eine Zustimmung zum Abkommen ab, da sie ihre Hauptforderungen der sofortigen Schaffung einer Region Darfur anstatt der drei Bundesstaaten und die Einrichtung eines zweiten Vizepräsidenten für Darfur nicht berücksichtigt sehen[14].
Die meisten Rebellen, die das Abkommen ablehnen, haben sich zur Nationalen Erlösungsfront (engl.: National Redemption Front, kurz NRF) zusammengeschlossen und erklärten den Waffenstillstand für beendet. Neue Kämpfe in Darfur zwangen Mitte Juni 2006 das Welternährungsprogramm, seine Arbeit einzustellen, wodurch 400.000 Menschen von einer Hungersnot bedroht waren. Die Dschandschawid hatten bereits in der Woche nach der Unterzeichnung des Abkommens ihre Überfälle wieder aufgenommen. Daraufhin entsandte die sudanesische Regierung zusätzliche Truppen nach Darfur und startete eine seit dem 28. August 2006 andauernde Offensive in Nord-Darfur mit Unterstützung der Minnawi-SLA um die Rebellen der NRF zurückzudrängen.