Aufgrund der Kritik Osama Bin Ladens am Königshaus von Saudi-Arabien zum Vorgehen im Irak-Krieg wurde er von Saudi-Arabien zur persona non grata erklärt und man versuchte, seiner Person habhaft zu werden. Wegen dieser Bedrohung floh Osama Bin Laden 1991 nach Sudan, der aufgrund eines Militärputsches von 1989 durch General al-Baschir und dessen islamisch-fundamentalistische Bestrebungen international isoliert war. Hier wurde Bin Laden vor allem geschäftlich tätig: Mit seiner Baufirma nahm er den Neubau einer Autobahn von Khartum nach Bur Sudan in Angriff und gründete eine Geschäftsbank. 1994 wurde ihm aufgrund seiner internationalen terroristischen Aktivitäten die saudische Staatsbürgerschaft entzogen. Auf saudischen und amerikanischen Druck hin verwies Sudan 1996 Osama bin Laden des Landes, der daraufhin nach Afghanistan reiste.
Trotz des Nachgebens galt Sudan weiterhin in den USA als Terrorstaat und 1998 kam es nach den Bombenanschlägen auf die US-Botschaften in Nairobi, Kenia und Daressalam, Tansania, zu einer Vergeltungsaktion seitens der USA auf die Asch-Schifa-Arzneimittelfabrik, in der eine Giftgasfabrik vermutet wurde. Eine Verstrickung in die Bombenanschläge oder die Produktion von Giftgas in der bombardierten Fabrik konnten bis heute nicht nachgewiesen werden.