Der wichtigste Seehafen befindet sich in Port Sudan, über den das Erdöl aus dem Landesinneren mittels einer Pipeline exportiert werden kann.
Sudan verfügt über etwa 4.068 Kilometer Wasserstraßen, wovon 1.723 Kilometer (Blauer Nil und Weißer Nil) ganzjährig befahrbar sind. Wichtige Flusshäfen sind Dschuba, Khartum, Kusti, Malakal, Nimule und Wadi Halfa.