In den Jahren 1899-1902 kehrten die Briten noch zahlreicher, jedoch diesmal ohne rote Uniformen zurück und besiegten die Buren im zweiten Burenkrieg. Der burische Versuch, sich mit dem Deutschen Reich und der Kolonie Deutsch-Südwest-Afrika zu verbünden, war für die Briten ein zusätzlicher Grund, nun vollkommen die Kontrolle über die Burenrepubliken zu übernehmen. Die Buren leisteten diesmal vergeblich Widerstand, da die Briten aufgrund ihrer zahlenmäßigen Überlegenheit und der besseren Nachschubversorgung nicht zu besiegen waren. Im Frieden von Vereeniging wurden die beiden Burenrepubliken in das Britische Empire eingegliedert, den Buren aber ansonsten großzügige Friedensbedingungen gewährt, wie beispielsweise die Anerkennung von Afrikaans als Amtssprache. Um die Buren weiterhin zu befrieden, stimmten die Briten in dem Vertrag aber auch diskriminierenden Regelungen zu, die die Bürgerrechte der nicht-weißen Einwohner Transvaals und des Oranje-Freistaats einschränkten.
Nach vier Verhandlungsjahren wurde am 31. Mai 1910 aus den vier Kolonien Natal, Transvaal, Oranje-Freistaat und der Kapkolonie die Südafrikanische Union gegründet, auf den Tag genau acht Jahre nach dem Ende des zweiten Burenkriegs. 1934 vereinigten sich die britische South African Party (Südafrikanische Partei) und die National Party (Nationale Partei) der Buren zur United Party (Vereinigte Partei), mit der Absicht, Briten und Afrikaaner zu versöhnen. Diese Gemeinschaftspartei spaltete sich allerdings 1939 wieder auf, da keine Einigkeit über den Eintritt in den zweiten Weltkrieg an der Seite Großbritanniens erzielt werden konnte. Die eher rechtsgerichtete National Party sympathisierte mit Hitler-Deutschland und erstrebte eine radikale Rassentrennung (Apartheid).
Nach dem Ende des zweiten Weltkriegs konnte die weiße Bevölkerungsminderheit unter der politischen Führung der National Party ihre Macht erhalten und installierte das System der Apartheid, in dem sie eine Reihe an Gesetzen durchs Parlament verabschieden lassen konnte, die das Land und das alltägliche Leben strikt nach den verschiedenen Hautfarben trennte. Die Apartheid war ein bedeutender Konfliktpunkt während der zweiten Hälfte des 20. Jahrhunderts, der zu weitreichenden wirtschaftlichen Sanktionen und dem Rückzug vieler Unternehmen aus Südafrika führte. Außerdem wuchs der Unmut der unterdrückten Bevölkerungsschichten und erreichte den Höhepunkt im Jahr 1976, als Sicherheitskräfte gegen eine Studentendemonstration in Soweto vorgingen und 176 schwarze Schüler und Studenten starben.
Im Jahr 1990, nach einem langen Zeitraum des Widerstands mit Streiks, Protestmärschen, Sabotage und auch Terrorangriffen verschiedener Anti-Apartheid-Bewegungen - die bekannteste ist der African National Congress (ANC) - ging die Regierung der National Party einen ersten Schritt in Richtung ihrer eigenen Entmachtung, als sie das Verbot des ANC und anderer politischer Organisationen aufhob und Nelson Mandela - einen der bekanntesten Widerstandskämpfer - nach 27 Jahren aus dem Gefängnis freiließ. Die Apartheid verschwand Schritt für Schritt aus der Verfassung und ermöglichte so die ersten für alle Bewohner freien Wahlen im Jahr 1994. Der ANC errang einen überwältigenden Wahlsieg und ist seitdem die Regierungspartei. Nelson Mandela wurde zum ersten schwarzen Präsidenten des Landes gewählt und erhielt zusammen mit dem letzten Präsidenten der National Party, Frederik Willem de Klerk, den Friedensnobelpreis für die Beiträge zur Beendigung der Apartheid. Trotz des Endes der Apartheid lebten zu Beginn des 21. Jahrhunderts immer noch Millionen Südafrikaner, hauptsächlich Schwarze, in Armut.