Durch seine Lage auf der koreanischen Halbinsel mit hunderten von bewohnten Inseln sowie der Situation als Exportnation spielt die Schifffahrt für Südkorea eine bedeutende Rolle. Die wichtigsten Seehäfen sind Incheon und Gunsan an der Westküste, Mokpo, Jinhae und Masan an der Südküste, sowie Busan, Donghae, Ulsan und Pohang an der Ostküste. Der jährliche Güterumschlag der südkoreanischen Häfen betrug 2003 596 Millionen Tonnen, im Gegensatz zu 9 Millionen Tonnen im Jahre 1961. Die südkoreanische Handelsmarine umfasste 2005 650 Schiffe mit mehr als 1000 Bruttoregistertonnen.
Internationale Fähren fahren von Incheon nach Weihai, Yantai, Qingdao, Shanghai, Tianjin, Dalien und Dandong in der Volksrepublik China. Von Busan werden Routen nach Shimonoseki, Tsushima und Hakata in Japan sowie Yantai in China angeboten. Ebenfalls in China liegt Lianyungang, welches von Mokpo angefahren wird. Außerdem Seokcho wird eine Route nach Zarobino in Russland angeboten. Nationale Fähren fahren zu den zahlreichen Inseln. Durch den Jeju International Airport auf der Insel Jejudo verlieren die Fährlinien dorthin aber zunehmend an Bedeutung.