Die Tadschiken sind zu über 90 % Anhänger des Islams, vorwiegend des sunnitischen Islams. Lediglich im Osten gibt es einige Anhänger des schiitischen Islams. Daneben leben auch ungefähr 230.000 Christen im Land:
Russisch-Orthodoxe
Evangeliumschristen-Baptisten
Katholiken
Siebenten-Tags-Adventisten
Koreanische Protestanten
Zeugen Jehovas
Lutheraner
Außerdem leben in Tadschikistan noch Bahais, Zoroastrier, Anhänger von Hare Krishna und Juden (sowohl Aschkenasim als auch Bucharische Juden). Die Siebenten-Tags-Adventisten und vor allem die Baptisten zeichnen sich durch zum Teil hartnäckige Missionierung und durch Katastrophenhilfen aus.
Trotz der Religionsfreiheit und der Trennung von Staat und Kirche, die in Tadschikistan gewährleistet sind, strebt die islamistische Opposition die Errichtung eines islamischen Gottesstaates an.