Das Gebiet Tadschikistans war abwechselnd unter der Herrschaft der Perser, Hunnen und gehörte auch zum Reich Alexanders des Großen. Im 8. Jahrhundert erreichte der Islam die Region. Während des Mittelalters gehörte Tadschikistan zum Kaiserreich Persien. 1868 wurde Tadschikistan Kolonie Russlands, später Sowjetrepublik.
1991 erklärte sich Tadschikistan für unabhängig und versank sofort in einem Bürgerkrieg zwischen islamischen Fundamentalisten und der Regierung von Emomalii Rahmon. Bucharische Juden und Aschkenasen, 1989 noch ca. 15.000 Menschen, verließen das Land aufgrund von Verfolgungen, so dass sich die Juden Tadschikistans auf rund 1.000 dezimierten. Der Bürgerkrieg endete mit einer Regierungsbeteiligung der Fundamentalisten.
Nach dem Terroranschlag am 11. September 2001 wurden US-Truppen in Chorugh und Duschanbe sowie Soldaten Frankreichs in Duschanbe stationiert. Trotzdem spielt Russland nach wie vor durch seine Truppenpräsenz die Rolle einer wichtigen Ordnungsmacht der Region (die Grenzsicherung nach Afghanistan erfolgte bis zum Sommer 2005 durch russische Truppen).