Der Wendekreis des Krebses, der die Klimagrenze zwischen Tropen und Subtropen markiert, durchläuft die Insel ziemlich genau an ihrer höchsten Erhebung, dem Yu Shan mit 3.997 m Höhe. Im nördlichen Teil herrscht entsprechend ein subtropisches Klima, das Zentrum und der Süden sind unter Berücksichtigung des klimatischen Einflusses der jeweiligen Höhenlage vorherrschend tropisch. Aufgrund der hohen Gebirge findet sich auch in den Höhenlagen des südlichen Teils ein - allerdings vorwiegend von tageszeitlichen Schwankungen geprägtes - gemäßigtes Klima. Im Winter weht ein kräftiger Monsun aus Nordosten, im Sommer ein starker Monsun aus Südwest, der starke Regenfälle mit sich bringt. Von Mai bis Oktober wird die Insel auch häufig von Taifunen heimgesucht. Im Februar kann es vereinzelt zu Schneefällen in Höhenlagen über 3.000 m kommen. Der bekannteste Ort hierfür ist im Landkreis Nantou der über eine Passstraße auf 3.275 m erreichbare Hehuanshan, was übersetzt Berg der harmonischen Freude bedeutet. Die Durchschnittstemperaturen betragen im Februar 12°C und im Juli 25°C.