Tschechien hat durch seine Randgebirge eine topografisch klare Gliederung: es besteht aus mehreren Beckenlandschaften, die von Gebirgen umgeben und unterteilt werden. Deswegen sagt man zum Beispiel in Oberösterreich „ich fahre nach Tschechien hinein“ - und nicht hinüber.
An der Südwestgrenze Tschechiens liegt der Böhmerwald (Šumava, 1.000 bis 1.400 m), im Nordwesten das Erzgebirge (Krušné hory, Keilberg 1.244 m) und im Norden die Sudeten (Sudety), welche im Riesengebirge (Krkonoše) mit der Schneekoppe 1.602 m (tschech. Sněžka) zu erreichen sind. Südöstlich des Erzgebirges breitet sich zu beiden Seiten der Elbe (tschech. Labe) das Böhmische Mittelgebirge aus.
Böhmen und Mähren werden durch die niedrige Böhmisch-Mährische Höhe (600 bis 800 m) voneinander getrennt. Mähren hat im Osten Anteil am Karpatenvorland und im Süden am Wiener Becken. Seine Ostgrenze zur Slowakei bilden die Beskiden und Weißen Karpaten, und nur die Südgrenze zu Niederösterreich bildet großteils ein Fluss - die stark mäandrierende Thaya (Dyje).
Auf den Gipfeln vom Böhmerwald, Böhmischen Mittelgebirge, den Beskiden und dem ersten Ausläufer der Karpaten verläuft die Europäische Wasserscheide.
Die Beckenlandschaften sind sehr fruchtbar. So wird in Böhmen, vor allem im Saazer Becken, Hopfen angebaut (Böhmen ist eines der traditionellen Bierbrauerländer), in Mähren wird Wein angebaut.
Tschechien liegt in der gemäßigten Temperaturzone der Erde. Die Jahresdurchschnittstemperatur beträgt 7,9 °C bei milden Wintern (Februar: 0,5 °C) und kühlen Sommern (Juni: 18,6 °C). Die Jahresniederschlagssumme beträgt 508 mm in Prag; ein relativ geringer Wert aufgrund der Lee-Lage östlich beziehungsweise südöstlich des Böhmerwalds, des Oberpfälzer Walds und des Erzgebirges. Alle zwölf Monate sind humid.