Neun Nationalparks und sechs Wildreservate zeugen von der Naturschönheit des Landes und dem Willen, diese zu schützen. Sie sind über das Land verteilt und liegen meist in der Nähe der Grenzen und weniger im Zentrum des Landes. Dadurch werden unterschiedliche Landschaften und Lebensgemeinschaften geschützt. Drei der Parks sollen hier kurz hervor gehoben werden:
Der Queen-Elizabeth-Nationalpark ist durch seine Lage am Fuße des Ruwenzori-Gebirges und am Edwardsee und Georgsee geprägt. Flusspferde und Pelikane fallen ins Auge, daneben weist das Vorkommen Afrikanischer Büffel, von Elefanten, Löwen, diverser Antilopen und über 600 Vogelarten auf die ökologischen Vielfalt des Gebietes hin.
Der Rwenzori-Mountains-Nationalpark soll die Berg- und Gletscherregionen des Ruwenzori-Gebirges, eine der Quellen des Nils, mit seiner einzigartigen Flora schützen.
Die größte geschützte Fläche des Landes erstreckt sich über den Murchison Falls National Park. Ein spektakulärer Wasserfall des Nils war für diesen Park namensgebend, an dem Nilkrokodile und Flusspferde leben. Eine Seltenheit dieses Schutzgebietes stellt die Rothschild-Giraffe dar.
Schädlich für Natur und Umwelt wirken sich Entwässerung von Feuchtgebieten, Abholzung, Überweidung und andere negative Nutzungen aus. Im Viktoriasee wuchern gebietsfremde Wasserhyazinthen. Die Einsetzung des Nilbarsches im Viktoriasee, um die Fischereierträge zu steigern, führte zur Ausrottung zahlreicher endemischer Fischarten insbesondere der Buntbarsche, andere Arten sind bedroht. Dies ist eine ökologische Katastrophe und ein Beispiel für falsche „Entwicklungshilfe“, deren Schaden den Nutzen überwiegt.
Uganda hat das Kyoto-Klimaprotokoll unterzeichnet und zahlreiche andere Umwelt- und Naturschutz-Abkommen.