Uganda ist von Seen, dem Weißen Nil (hier: Viktoria-Nil und Albert-Nil), Urwäldern und Savannen geprägt. Das Land wird im Süden vom Äquator durchzogen. Der tiefste Punkt Ugandas ist der Unterlauf des Albert-Nils auf etwa 610 m über dem Meeresspiegel (Albertsee 621 m über dem Meeresspiegel). Der Margherita Peak (auch: Mount Stanley) im Ruwenzori-Gebirge als höchster Punkt ist 5.110 m hoch. Beide Extrempunkte liegen relativ nahe beieinander. Die Gesamtfläche des Landes umfasst 241.038 Quadratkilometer, davon entfallen 199.710 Quadratkilometer auf die Landfläche, während 36.330 Quadratkilometer Wasserflächen sind. Der Nordosten Ugandas ist semiarid.
Wichtige Rohstoffe des Landes sind Kupfer, Cobalt, Kalkstein, Nickel und Steinsalz. Wasserkraft und landwirtschaftlich gut zu nutzender Boden stellen weitere Ressourcen dar.