Die ursprüngliche Fauna ist in den Nationalparks noch am ehesten erhalten, dort jedoch auch durch die Bürgerkriegsentwicklungen beeinträchtigt. In den beiden bedeutendsten Naturschutzgebieten, dem Murchison Falls National Park und dem Queen Elizabeth National Park können Safaris mit Pirschfahrten zur Wildbeobachtung durchgeführt werden. Nur in Uganda heimisch ist die Ugandan Kob genannte Antilopenart. Das Wappentier, der Kronenkranich, ist besonders rund um den Viktoriasee noch häufig zu sehen.