Um 1860 „entdeckten“ die beiden britischen Forscher John Hanning Speke und James Augustus Grant die Quelle des Nils für Europa. Um diese Zeit begann die europäische Kolonialisierung Ostafrikas. Zu den ersten Europäern, die sich in diesem Gebiet niederließen, gehörten sowohl katholische als auch protestantische Missionare. In erstaunlich kurzer Zeit setzten sie in zahlreichen Volksgruppen ihren Glauben durch.
Uganda wurde britisches Protektorat. Die koloniale Wirtschaft förderte den Baumwoll- und Kaffeeanbau. Dazu wurde die Eisenbahnlinie der Ugandabahn von Mombasa über Nairobi bis nach Kampala gebaut.