Die Wirtschaft im Süden und in der Mitte des Landes prosperiert. Hauptausfuhrgut ist - wie zur Protektoratszeit - Kaffee (erbringt 55 % der Exporterlöse), in kleinerem Umfang auch Gold. Auch Tee (5 %), Fisch (7,5 %) aus dem Viktoria-See und Tabak (4 %) werden exportiert. Die Exporte haben einen Gesamtwert von 621 Millionen US-Dollar gegenüber Importen von 1.306 Millionen US-Dollar. Nachdem die Wirren der Zeit Amins und Obotes beendet waren und Uganda sich unter Museveni stabilisierte, setzte ein beständiges Wirtschaftswachstum mit Wachstumsraten von etwa 5-6 % jährlich ein. Dennoch zählt Uganda weiterhin zu den ärmsten Ländern der Welt: noch 2003 belief sich der Anteil der Bevölkerung mit einem Einkommen von weniger als einem US-Dollar pro Tag auf 82%.
Uganda ist wie die meisten Staaten der Welt vom Klimawandel betroffen. Experten gehen davon aus, dass durch die neue Klimasituation bspw. in wenigen Jahren kein Kaffeeanbau in Uganda mehr möglich sein wird.