Das Land ist sehr wasserreich. Das Gewässernetz lässt sich in zwei große Becken unterteilen: das Innen- und das Atlantikbecken. Das Atlantikbecken wird durch relativ kurze Flüsse gespeist, die in das Meer münden. Es lässt sich seinerseits in zwei Becken unterteilen: das Rio de la Plata (im Westen) und das der Merin-Lagune (im Osten). Das Innenbecken besteht aus Wasserläufen, die in den Uruguay münden. Sein wasserreichster Nebenfluss, der Rio Negro, fließt von Ost nach West durch das Land und bildet seinerseits ein großflächiges Becken.
Der größte Fluss ist der Río Uruguay, der insgesamt 1.790 km lang ist, im südbrasilianischen Küstengebirge entspringt und zusammen mit dem Río de la Plata die Westgrenze des Landes bildet. Alle Flüsse münden in den Fluss, den Grenzfluss zu Argentinien. Wichtigster Zufluss ist der Río Negro, der auf 750 km Uruguay von Nordost nach Südwest durchquert und in der Landesmitte zum 1.140 km² großen See Rincón del Bonete aufgestaut ist. Dieser Stausee entstand durch die Errichtung des Staudammes am Río Negro zur Gewinnung elektrischer Energie. Er liegt auf halber Strecke des Flusslaufes, hinter dem 1945 fertig gestellten Dr.-Gabriel-Terra-Damm. Der Río de la Plata mündet in den Atlantischen Ozean. Es handelt sich hierbei um den größten Mündungstrichter der Welt. Der Río Uruguay ist entlang der ganzen Westgrenze des Landes schiffbar. Er versorgt, vor allem durch zwei große Stauseen (Rincón del Bonete und Paso del Palmar), das ganze Land mit Trinkwasser. Weitere wichtige Seen sind der Laguna Merin im Osten des Landes und der Embalse de Salto Grande (Fläche: 783 km²). Doch der Wasserreichtum Uruguays ist nicht nur überirdisch zu finden. Das Sandsteinlager Botucatu, das sich unter dem Boden Uruguays, Nordargentiniens, Paraguays und Südbrasiliens erstreckt, enthält schätzungsweise 37.000 Kubikkilometer Grundwasser, eine der größten Reserven der Welt.
Im Oktober 2004 hat eine Volksabstimmung in Uruguay gesiegt und damit das Recht auf Wasser in der Verfassung verankert. Diese musste geändert werden und fortan eine Garantie enthalten, dass der Zugang zu Trinkwasser und sanitären Einrichtungen ein grundlegendes Menschenrecht ist und vom Staat als öffentliche Dienstleistung gewährleistet werden muss. Uruguay ist damit das erste Land der Welt, in dem das Recht auf Wasser durch Plebiszit Verfassungsrang erhielt.