Von den einst mächtigen, undurchdringlichen Buschwäldern sind nur noch wenige Restbestände erhalten. Die Waldstücke, meist am Unterlauf der Flüsse, nehmen heute insgesamt nur 5% des Staatsgebietes ein. Charakteristisch für die in Uruguay vorherrschende Form der Vegetation sind hohe Präriegräser. Zu den einheimischen Hartholzbäumen gehören Urunday, Lapacho, Carob, Quebracho, Jacaranda, Weiden und Akazien. Andere Blütenpflanzen sind Immergrün, Mimosen, Rosmarin und Kapokbäume. Palmen gedeihen im Südosten und in den Tälern der zentralen Region sowie im Norden Uruguays. In den Küstengebieten sind zum Schutz gegen das weitere Vordringen des Sandes Kiefern und Eukalyptusbäume angepflanzt worden. Die weit verbreiteten Zypressen, Eichen, Zedern, Maulbeer- und Magnolienbäume sind ebenfalls von außerhalb eingeführt worden.
Die Bestände von Pumas, Robben, Tapiren und Nandus sind heute stark zurückgegangen. Hirsche, Wildschweine, Otter (darunter die bis zu 2,20 m langen, vom Aussterben bedrohten Riesenfischotter), Füchse, Wildkatzen, Gürteltiere, Ameisenbären und verschiedene Nagetiere gehören zu den häufigsten Säugetieren. Unter den Vogelarten sind Geier, Kanincheneulen, Truthühner, Sittiche, Kardinäle, Kolibris, Schwäne (auch die sehr seltenen schwarzhalsigen Schwäne) und Wildenten erwähnenswert. Zur Reptilienfauna gehören Echsen, Schildkröten und Klapperschlangen. Das Verbreitungsgebiet der Alligatoren ist auf den oberen Flusslauf des Uruguay beschränkt. Uruguay verfügt (nach Alaska) über die zweitgrößte Kolonie von Seehunden und Seelöwen, welche auf der Isla de Lobos (= Robbeninsel, vor Punta del Este gelegen) beheimatet ist. Auch Wale und Delphine werden gesichtet; Haie auf hoher See, jedoch nie in Küstennähe.