Die Schifffahrt konzentriert sich auf den Río Uruguay und den Río de la Plata; schiffbare Wasserstraßen umfassen eine Strecke von rund 1.600 Kilometern.
Uruguay ist zusammen mit Argentinien, Brasilien, Paraguay und Bolivien an einem Projekt zur Verbindung der Flüsse Río Paraguay und Paraná mit dem atlantischen Ozean beteiligt. Das Ziel dieses größten regionalen Integrationsprojekts in Lateinamerika ist es, die Produkte dieser Länder leichter in die Häfen von Argentinien und Uruguay transportieren zu können. Dieses Transportsystem wird eine Länge von etwa 3.500 Kilometern haben.