Usbekistan erstreckt sich von den Wüsten am Aralsee im Westen über ca. 1.200 km bis zum fruchtbaren Ferghanatal im Osten.
Der von vollständiger Austrocknung bedrohte Aralsee hat derzeit eine Fläche von ca. 43.000 km². Südwestlich des Sees befindet sich das flachwellige, wüstenhafte Ustjurt-Plateau, dessen Westhälfte zu Kasachstan gehört und das ein großes Naturreservat bildet.
Der größte Teil der Fläche Usbekistans wird von Wüsten eingenommen. Südöstlich des Aralsees im Tiefland von Turan erstreckt sich die Kysylkum-Wüste (usbek. Qizilqum), die vier Zehntel der Staatsfläche Usbekistans umfasst und sich auf dem angrenzenden Territorium Kasachstans fortsetzt. Sie wird nur durch einige Restmassive unterbrochen, die im Gora Aktau 920 m Höhe erreichen. Südlich davon liegt eine große Steppenlandschaft, durch die der Amudarja fließt.
Die wichtigsten landwirtschaftlichen Anbauflächen befinden sich in den großen Oasen um Samarkand, Buchara und Taschkent sowie im Ferghanatal.
Im Osten Usbekistans liegen die Turkestankette und die vorgebirgige Landschaft des Tienschan.
Der höchste Berg Usbekistans ist der Beshtor, auf dem sich die Ortschaft Adelunga Tog‘i befindet. Er hat eine Höhe von 4.301 m. Die tiefste Stelle im Land liegt 12 m unter dem Meeresspiegel im Kysylkum.