Viele der Inseln von Vanuatu sind schon seit Jahrtausenden bevölkert. Die ältesten Funde werden auf das Jahr 2000 v Chr datiert. Der portugiesische Seefahrer Pedro Fernández de Quirós erreichte am 3. Mai 1606 Espiritu Santo. Im Glauben den "verlorenen" südlichen Kontinent gefunden zu haben nannte er die Insel nach dem heiligen Geist Terra Australis del Espiritu Santo und nahm sie und alles bis zum Südpol liegende Land im Namen des spanischen Königs und der katholischen Kirche in Besitz.
1768 segelte Louis Antoine de Bougainville auf der Fregatte La Boudeuse zwischen Espiritu Santo und Malakula und widerlegte somit Quirós Theorie es handele sich um den Teil eines südlichen Kontinents.
Nach der zweiten Reise des britischen Entdeckers James Cook ließen sich ab 1839 europäische Siedler auf den Inseln nieder. Seit 1887 standen die Inseln offiziell unter britisch-französischer Kontrolle
Franzosen und Engländer einigten sich 1906 auf die Gründung eines gemeinsamen Kondominiums auf den Neuen Hebriden, wie die Inseln damals genannt wurden. Auf Grund verschiedenster Infektionskrankheiten, die vor allem durch die europäischen Siedler ins Land gebracht wurden, fiel die Bevölkerung bis 1935 auf 45.000 Einwohner.
Während des Zweiten Weltkrieges wurden die Inseln Éfaté und Espiritu Santo von den Alliierten als Militärbasen genutzt. In den 1960ern drängte die Bevölkerung zu mehr Selbstbestimmung und später nach Unabhängigkeit. Volle Souveränität erlangte der Inselstaat am 30. Juli 1980 durch die Zustimmung der beiden europäischen Schutzmächte. 1981 trat Vanuatu den Vereinten Nationen bei und zwei Jahre später der Bewegung der blockfreien Staaten. Die 1990er waren geprägt von politischer Instabilität was zu einer größeren Dezentralisierung im politischen System des Inselstaates führte.