Zypern ist eine grüne Insel, die waldreichste im gesamten Mittelmeerraum.
Aleppo-Kiefern, Pinien, Platanen, Zedern und Steineichen wachsen im Troodos-Gebirge – dem „Schwarzwald“ Zyperns. Die flach abfallenden Ränder des Troodos sind bedeckt mit Apfel-, Birnen-, Pfirsich-, Mandel- und Nussbäumen sowie mit Weinfeldern. Im Übrigen wird das Bild der Insel von Zypressen, Oliven- und Johannisbrotbäumen geprägt.
Orangen- und Grapefruithaine herrschen in der Umgebung von Lemesos und Güzelyurt vor. Das „Land der roten Erde“ im Südosten gilt als Gemüsegarten Zyperns mit Kartoffeln, Auberginen, Tomaten, Gurken, Zwiebeln und anderen Arten. Feigen und Granatäpfel wachsen im Nordwesten. Im Südwesten, bei Pafos, gibt es bedeutende Weingärten und ausgedehnte Bananenplantagen.
Im Frühling bedeckt ein Blumenteppich die Insel. Nicht weniger als 1.800 Blütenpflanzen blühen, vor allem Anemonen, Narzissen, Gladiolen, Iris, Goldwurz, Tulpen und Klatschmohn. Auch 44 Arten von Orchideen kommen vor. Im Herbst, mit den ersten Regenfällen, sprießen unter anderem Traubenhyazinthen, Weihnachtsstern und Hahnenfuß. Bougainvillea blüht das Jahr hindurch.
Das Zypern der Antike war mit Wäldern bedeckt, heute sind nur noch etwa 17 % der Insel (im wesentlichen im Troodos-Gebirge und im Beşparmak) von Wald bedeckt. Eingriffe des Menschen, Ziegen und häufige Waldbrände haben dazu beigetragen, den Waldbestand zu vermindern. Heutzutage bemüht man sich, den Waldbestand durch Neubepflanzung zu vergrößern. Das Überleben neu gepflanzter Bäume wird durch Wassermangel erschwert. Einige fremde Arten wurden eingeführt (verschiedene Tannenarten, Akazien, Fichten, Eukalyptus).
Fossilien und archäologische Funde belegen, dass auf Zypern bis in die Nacheiszeit eine verzwergte Fauna hauptsächlich aus Nilpferden und Elefanten lebte, die allerdings bereits im Neolithikum ausgestorben ist. Schweine, Rinder, Ziegen, Damhirsche und Wildschafe sowie Füchse und Wildkatzen wurden von den ersten Bauern mitgebracht. Die Schafe verwilderten und lebten auf der Halbinsel Akamas. Die ebenfalls eingeführten Rinder verschwanden nach relativ kurzer Zeit und wurden erst im Endneolithikum wieder eingeführt. Heute gibt es auf Zypern nur noch das Wildschaf, fälschlicherweise Mufflon genannt.
Jährlich kommen die Meeresschildkröten an die Küsten von Akamas, Varosha und des Karpaz, um Eier zu legen. Um diese Tiere zu schützen und ihre unbehinderte Fortpflanzung zu ermöglichen, verabschiedete die zyprische Regierung ein Programm. Für die Dauer der Eiablage werden die Strände, die die Schildkröten zum Nisten bevorzugen, für Menschen gesperrt.
Neben den im Mittelmeer üblichen Fischarten tummeln sich an den Stränden im Osten der Insel auch Tierarten, die durch den Suez-Kanal aus dem Roten Meer ins Mittelmeer kamen. So sind Rostnacken-Papageifische, Gelbflossen-Doktorfische u. v. a. zu bewundern.
Die Vogelwelt Zyperns umfasst 340 Arten. Die Insel ist ein Durchzugsgebiet vieler Zugvögel. 46 Arten verbringen das ganze Jahr auf Zypern, und 27 der Zugvogelarten nisten auf der Insel und pflanzen sich dort fort. Die Wälder der großen Troodos–Gebirgskette und die Höhenlagen des Besparnak sind die vogelreichsten Gebiete. U. a. sind hier der Buchfink, der Fichtenkreuzschnabel, das zyprische Rebhuhn, die Nachtigall und der Seidensänger zu finden. Im Bereich des Salzsees/Larnaca kann man im Winter den Flamingo beobachten.