Die erste konstante Besiedlung Zyperns erfolgte in der Jungsteinzeit. In Aetokremnos wurden zwar epipaläolithische Befunde ausgegraben, eine länger andauernde Besiedlung ist jedoch unsicher. Die neolithische Besiedlung erfolgte im 9. Jahrtausend v. Chr. von Syrien aus. Das bekannteste Dorf der Jungsteinzeit ist Khirokitia bei Kalavassos, weitere Fundorte aus dem präkeramischen Neolithikum (PPNB) sind Kastros, Shillourokambos, Ais Yiorkis und Tenta. Seit der Bronzezeit belieferte Zypern das östliche Mittelmeer mit Kupfer. In der ausgehenden Bronzezeit entstanden auf Zypern Handelsstädte wie Enkomi, die in engem Kontakt mit der Levante standen.
Den Hethitern und Ugarit war Zypern (oder ein Teil der Insel) als Alašija bekannt, es bestanden Handelsbeziehungen. Um 1200 v. Chr. kam die Insel unter Mykenes Einfluss, lokal wurde Keramik hergestellt, die mykenische Vorbilder umsetzt, diese fand weiter Verbreitung in der Levante. Danach war Zypern Teil der assyrischen, ägyptischen und persischen Einflusssphäre. Das Königreich Salamis errang nach und nach die Vorherrschaft über die Insel. 332 v. Chr. gingen die Könige von Zypern zu Alexander dem Großen über und Zypern wurde in dessen Reich eingebunden. Nach dem Zerfall des Reiches gehörte Zypern zum hellenistischen Ptolemäerreich.
58 v. Chr. gelangte die Insel unter römische Herrschaft und blieb römisch und oströmisch/byzantinisch bis 1184, zuletzt unter dem unabhängigen Kaiser Isaak Komnenos. Die Kreuzritter und die Familie Lusignan beherrschten die Insel bis 1489, anschließend gehörte die Insel bis 1571 zu Venedig, danach zum Osmanischen Reich.
1878 verpachtete das Osmanische Reich die Insel an Großbritannien, das diesem im Gegenzug Unterstützung gegen einen Vorstoß der Russen zusagte; mit dem Eintritt des Osmanischen Reiches in den Ersten Weltkrieg (1914) auf Seiten der Mittelmächte wurde die Insel von den Briten annektiert, sie gehörte aber bis zum Inkrafttreten des Vertrags von Lausanne im Jahre 1923 formal noch der Türkei, die sie in besagtem Vertrag rückwirkend als seit 1914 durch Großbritannien annektiert anerkannte. 1925 wurde Zypern Kronkolonie.
Die ehemalige britische Kolonie wurde am 16. August 1960 aufgrund des Abkommens von Zürich zwischen Großbritannien, Griechenland und der Türkei (1959) unabhängig.
Nach Unruhen und Spannungen zwischen den Volksgruppen wurde im Jahr 1964 die United Nations Peacekeeping Force in Cyprus (UNFICYP) im Land stationiert, um Stabilität und Sicherheit zu gewährleisten und eine Eskalation des Zypernkonflikts zu verhindern. Dies gelang jedoch nicht. In einem von der griechischen Junta unterstützten Putsch wurde 1974 Präsident Makarios gestürzt. Die nationalistisch orientierten Putschisten strebten die Angliederung an Griechenland an. Unter Berufung auf ihre Rolle als Garantie- und Schutzmacht der türkischen Inselbewohner intervenierte die Türkei und besetzte den Norden Zyperns. Am 16. August 1974 wurde ein Waffenstillstandsabkommen geschlossen, die Friedenstruppe der Vereinten Nationen (UNFICYP) überwacht seitdem die Einhaltung des Waffenstillstandes, unter anderem durch regelmäßige Patrouillen an der "Green Line" genannten Waffenstillstandslinie.
1983 wurde die Türkische Republik Nordzypern proklamiert, die jedoch außer der Türkei von keinem Mitglied der Vereinten Nationen anerkannt wird (siehe Resolution 541 der Vereinten Nationen).
Im Jahr 2003 wurde die Grenze zwischen den beiden Landesteilen erstmals wieder durchlässig, als die Öffnung der Grenzübergänge für beide Volksgruppen für Besuche im jeweils anderen Teil der Insel zum 23. April 2003 erfolgte. 2004 scheiterte jedoch der Annan-Plan zur Wiedervereinigung in einer Volksabstimmung an der Ablehnung im griechischen Teil Zyperns. Der Annan-Plan hatte für den griechischsprachigen Südteil Zyperns den Namen Griechisch-zyprischer Staat vorgesehen. Hätte der Plan auch im Südteil Akzeptanz gefunden, würde Zypern heute offiziell Vereinigte Republik Zypern heißen. Das türkischsprachige Pendant im Nordteil, auf dem heute die Türkische Republik Nordzypern errichtet ist, wäre dabei auf den Namen Türkisch-zyprischer Staat getauft worden. Die Türkische Republik Nordzypern hätte sich aufgelöst. Die heutigen Flaggen der Türkischen Republik Nordzypern, sowie die des heute provisorisch auch den Nordteil vertretenden Südteils von Zypern, wären Geschichte geworden.
Aufgrund der Ablehnung des Annan-Plans im Südteil, bei der sich 76 % der griechischen Zyprer gegen den Plan aussprachen, wurde Zypern am 1. Mai 2004 als geteiltes Land Mitglied der EU. Für den Plan und dem daraus resultierenden Zusammenschluss der Insel stimmten mit einer Mehrheit von 65 % die Bewohner des besetzten Teils. Die Türkische Republik Zypern bleibt bis heute eine nicht anerkannte und isolierte Republik, was zu schwerwiegenden politischen und wirtschaftlichen Folgen im Norden führt.
Am 9. Januar 2007 haben türkische Zyprer in Lefkosa die Lokmaci Barrikade, die seit 1967 das Symbol für die Trennung darstellt, als "Zeichen des guten Willens" eingerissen. Am 8. März 2007 haben griechische Zyprer ebenfalls die Barrikade auf ihrer Seite eingerissen.