Im 16. Jahrhundert, nach der Eroberung Granadas 1492 durch Königin Isabella I. von Kastilien und König Ferdinand II. von Aragón und der dann bald folgenden Unterdrückung der Muslime in Spanien, machten muslimische Korsaren, von denen viele aus Spanien geflohene Morisken waren, Algier, Tunis, Tripolis und Marokko zu ihrer Basis. Diese als Barbareskenstaaten (Barbaresken = Barbaren oder Berber) bezeichneten Gebiete führten von dort aus einen erbitterten Kampf gegen die christlichen Mittelmeermächte, insbesondere deren Schifffahrt und Küsten.
Der bekannteste Korsarenführer war Khair ad-Din Barbarossa. Nachdem er Algier erobert hatte, unterstellte er sich und sein Herrschaftsgebiet 1518 dem osmanischen Sultan, der auf diese Weise Oberherr von Nordafrika (mit Ausnahme Marokkos) wurde und eine schlagkräftige Flotte gewann. Algier war formal Provinz des Osmanischen Reichs und Sitz der Deys, der Statthalter des Sultans, wurde jedoch seit Mitte des 17. Jahrhunderts faktisch unabhängig. Die Bevölkerung der Stadt lebte überwiegend von der Piraterie.
Der Kriegszustand mit den abendländischen Staaten gab der Seeräuberei die formale Legitimation der im Krieg üblichen Kaperei. Die Versuche der europäischen Mächte, die Stadt zu erobern und der Piraterie Einhalt zu gebieten, scheiterten. 1541 schickte Karl V., Kaiser des Heiligen Römischen Reiches und König von Spanien, seine Truppen gegen Algier. Er scheiterte genauso wie die Dänen im Jahre 1770 und Spanien mit seiner Armee 1775.
Auch ein britisch-niederländisches Geschwader gelang es 1816 nicht die Stadt unter dem Kommando von Edward Pellew zu erobern. Allerdings zwang die Streitmacht den Dey von Algier durch die Zerstörung seiner Flotte und ein Bombardement seiner Hauptstadt zur Freilassung der christlichen Sklaven.
Mit der Stärkung der christlichen Seefahrermächte, vor allem Großbritannien, Frankreich und die Niederlande, verlor die Kaperei gegen den christlichen Handel im Mittelmeer zunehmend an Bedeutung. Im 18. und 19. Jahrhundert nahm der kommerzielle Handel mit Europa, vor allem mit Frankreich, zu. Die Piraterie der Korsaren fand ihr Ende mit der Schlacht von Navarino am 20. Oktober 1827, als die Kriegsschiffe der mit dem Osmanischen Reich verbündeten Barbaresken zerstört wurden.