Die Stadt wurde am 15. August 1537 von Juan de Salazar und Gonzalo de Mendoza gegründet.
Asunción ist eine der ältesten Städte Südamerikas. Der Ort wurde vermutlich von Juan de Ayolas zum ersten mal besucht, aber der Ort wurde Nuestra Señora Santa María de la Asunción ("Unsere Heilige Frau Maria der Himmelfahrt", gemeint ist Maria Himmelfahrt) genannt.
Im Jahr 1731 gab es unter der Leitung von José de Antequera y Castro den ersten Aufstand unter der spanischen Kolonialherrschaft.
Während des Krieges der dreifachen Allianz (1865–1870) wurde Asunción von Brasilien besetzt. Die Besatzung dauerte bis 1876 an. Der Handelsverkehr, der seit der Freigabe der Schifffahrt auf dem Rio Paraguay im Jahr 1858 einen bedeutenden Aufschwung genommen hatte, wurde durch die Kriegsunruhen empfindlich gestört.
Im Jahr 1884 verzeichnete Asunción 20.000 Einwohner, die mit Leder, Tabak, Zucker, Maniok, Erdnüssen, Rum und dem berühmten Paraguaytee (Yerba Mate) handelten.
1927 forderte ein Wirbelsturm 300 Todesopfer.
Am 1. August 2004 brannte nach einer Gasexplosion das Einkaufszentrums Ycua Bolaños nieder. Bei dem Brand wurden 464 Menschen getötet und über 500 verletzt.