In Auckland haben drei neuseeländische Universitäten ihren Hauptsitz: Die Universität Auckland, die Technische Universität Auckland (AUT) und die Unitec (Institute of Technology).
Die älteste der Aucklander Universitäten ist die 1883 gegründete University of Auckland. Im April 2006 waren mehr als 39.000 Studenten an der University of Auckland eingeschrieben. Sie versteht sich als „research-based university“ (etwa: forschungsorientierte Universität; vergleichbar einer Universität in Deutschland) und bietet eine Vielzahl von Studiengängen an den Fakultäten Ingenieurwesen, Jura, Medizin, Kunst, Wirtschaft, Gesellschafts-, Erziehungs- und Naturwissenschaften an. Außerdem ist eine theologische Fakultät angegliedert. Der Campus der Universität Auckland befinden sich etwas südöstlich des Stadtzentrums von Auckland City. Die hat darüber hinaus noch fünf weitere: der größte befindet sich im zur Auckland City gehörenden Stadtteil Tamaki, die medizinische Fakultät und weitere gesundheitswisschenschaftliche Fachbereiche sind gegenüber dem Auckland Hospital unweit des Citycampus im Stadtteil Grafton angesiedelt, ein weiterer Campus befindet sich im zu North Shore gehörenden Stadtteil Takapuna. Seit der Verschmelzung mit dem Auckland College of Education 2004 gehört der Campus in Epsom sowie die Außenstelle in Whangarei zur Universität.
Die 2000 gegründete Technische Universität Auckland (AUT) ist Neuseelands jüngste Universität, auch wenn sie auf die 1895 gegründete Auckland Technical School zurückgeht. 2005 waren 25.750 Studenten eingeschrieben. Die AUT ist mit einer Technischen Hochschule in Deutschland vergleichbar. Die AUT befinden sich ebenfalls südöstlich des Stadtzentrums. Sie hat außerdem einen Campus im Stadtteil Akoranga in North Shore.
Die Unitec (Institute of Technology) wurde 1976 gegründet und Ende 2005 waren 65.636 Studenten eingeschrieben. Ihr Status ist mit dem einer Technischen Hochschule oder Fachhochschule in Deutschland vergleichbar. Sie befindet sich im Stadtteil Mt Albert und verfügt über eine Außenstelle im Stadtteil Henderson von Waitakere.
Des Weiteren verfügen noch andere neuseeländische Universitäten über Campus oder Außenstellen im Ballungsraum Auckland. So unterhält die hauptsächlich in Dunedin angesiedelte Universität von Otago einen Gebäude in der Queen Street in der Aucklander Innenstadt und auch die Massey University hat in Palmerston North und Wellington einen Campus in Albany (North Shore) an der Nordgrenze des Ballungsraums Auckland.