Die älteste Erwähnung der Stadt datiert auf die Mitte des 2. Jahrtausends vor Christus. Die Stadt war bereits unter den Phöniziern ein bedeutender Stadtstaat, ihr antiker phönizischer Name lautet Be'erot (dt. "Brunnen"). Die Griechen nannten die Stadt Berytos.
Die römische Herrschaft begann im Jahre 64 v. Chr.. Während dieser Zeit war die Stadt, welche nun als Kolonie den Namen Berytus trug, sehr bedeutend und brachte bekannte Juristen hervor, unter anderem Aemilius Papinianus und Domitius Ulpianus. Die Rechtsschule von Beirut war bis ins 6. Jahrhundert angesehen und bedeutend. Mindestens bis ins späte 4. Jahrhundert, vermutlich aber noch deutlich länger, war die dominierende Sprache in der Stadt Latein; damit hob man sich stark vom Umland ab.
Als im Jahre 551 ein Erdbeben und eine nachfolgende Flutwelle die Stadt stark zerstörten, gingen Glanz und Wohlstand der antiken Stadt verloren.
Im Jahre 635 wurde die Stadt von den Arabern erobert. Die Araber nannten die immer noch stark zerstörte Stadt Bayrut. Die Siedlung wurde wieder aufgebaut und der Handel begann erneut zu florieren. Von 1110 bis 1291 war sie in der Hand von Kreuzfahrer-Fürsten. Sie war eine der langlebigsten Herrschaften, da sie bis zum endgültigen Zusammenbruch des Königreichs von Jerusalem 1291 bestand, obwohl oder gerade weil sie nur aus einem schmalen Streifen Mittelmeerküste rund um Beirut bestand. Beirut war wichtig für den Europahandel und hatte innerhalb des Fürstentums Galiläa eigene Vasallen. Nach der Eroberung fiel Beirut zunächst an Fulko von Guines. 1166 gab Amalrich I. die Stadt als Lehen an Andronikos Komnenos, den späteren byzantinischen Kaiser, der sie jedoch nach dem Bekanntwerden seiner Affaire mit Königin Theodora verlassen musste. 1197 wurde Johann von Ibelin mit der Stadt belehnt, die damals stark zerstört war. Nach seinem Tode 1266 fiel sie an seine Tochter Isabella von Beirut.
Nach der Rückeroberung durch die Mamluken 1291 unter Schudschai war die Stadt meist von den Drusen beherrscht, auch wenn sie ab 1516 zum Osmanischen Reich gehörte. 1888 wurde Beirut ein Vilayet Syriens, das die Sandschaks Latakia, Tripolis, Beirut, Akkon und Bekaa umfasste. Mit dem Zusammenbruch des Osmanischen Reiches nach dem 1. Weltkrieg kam die Stadt als Teil eines Völkerbundmandats an Frankreich. Nach dem 2. Weltkrieg wurde Beirut Hauptstadt des nun unabhängigen Libanon. Internationale Investoren und Finanziers wurden durch die "libanesische Freihandelspolitik" angezogen. Beirut entwickelte sich zu einem Finanzzentrum. Es galt wegen seines Glanzes als "Paris des Nahen Ostens".
Während des libanesischen Bürgerkriegs (1975-1990) war die Stadt in einen muslimischem Westen und einen christlichen Osten geteilt. Im Juli 1982 drang Israel in den Libanon ein und zwang die PLO in diesem Libanonfeldzug am 21. August zum vollständigen Rückzug. Der Westen Beiruts wurde 10 Wochen lang belagert und bombardiert. Der Abzug der PLO wurde unter Aufsicht durch eine multinationale Schutztruppe, überwiegend amerikanische und französische Soldaten, durchgeführt.
Am 17. September 1983 beschießt die US Navy erstmals Stellungen der Syrer in der Nähe von Beirut. Die multinationale Friedenstruppe verließ allerdings 1983 den Libanon, nachdem am 23. Oktober 1983 bei zwei Bombenanschlägen auf die multinationalen Hauptquartiere, die der Hisbollah zugeschrieben werden, 241 US-Soldaten und 58 Franzosen getötet wurden. 1985 richtete Israel eine Schutzzone im Vorfeld der israelischen Grenze ein. Bei einem Autobombenanschlag am 8. März 1985, der dem schiitischen geistlichen Führer Scheich Muhammad Hussein Fadlallah galt, wurden 80 Menschen getötet und 256 verletzt. Im Oktober 1990 endete der Bürgerkrieg. Beirut wurde über weite Strecken wieder neu aufgebaut. Am 13. Juli 2006 griff Israel im Verlauf des Julikrieges den Flughafen der Stadt an. Bei diesem und weiteren Luftangriffen wurden viele Libanesen getötet. Im weiteren Verlauf der Bombardements im Zuge des Israel-Libanon-Konfliktes wurden viele Stadtzüge Beiruts, vor allem im Süden der Stadt, zerstört. Darüber hinaus wurde ein großer Teil der regionalen Verkehrsinfrastruktur durch Bomben und Raketenangriffe zerstört oder schwer beschädigt.