Die Stadt Cölln, Teil der Doppelstadt Berlin-Cölln (auf der Spreeinsel gelegen), wurde 1237 erstmals urkundlich erwähnt, 1244 folgte dann die Erwähnung Berlins, welches sich auf dem nördlichen Ufer der Spree befand. Die beiden Städte bekamen 1307 ein gemeinsames Rathaus. Der Name Berlin hat nichts mit dem Bären im heutigen Stadtwappen zu tun. Er geht vermutlich auf die slawische Silbe berl (Sumpf) zurück.
1415 wurde Friedrich I. Kurfürst der Mark Brandenburg und blieb dies bis 1440. Mitglieder der Familie Hohenzollern regierten bis 1918 in Berlin, erst als Markgrafen von Brandenburg, dann als Könige von Preußen und schließlich als deutsche Kaiser. Die Einwohner von Berlin haben diese Veränderungen nicht immer begrüßt.
1448 revoltierten sie im „Berliner Unwillen“ gegen den Schlossneubau des Kurfürsten Friedrich II. Eisenzahn. Dieser Protest war jedoch nicht von Erfolg gekrönt, und die Bevölkerung büßte viele ihrer politischen und ökonomischen Freiheiten ein. 1451 wurde Berlin dann Residenzstadt der brandenburgischen Markgrafen und Kurfürsten und musste seinen Status als freie Hansestadt aufgeben.
Der Dreißigjährige Krieg zwischen 1618 und 1648 hatte für Berlin verheerende Folgen: ein Drittel der Häuser wurde beschädigt, die Bevölkerungszahl halbierte sich. Friedrich Wilhelm, bekannt als der Große Kurfürst, übernahm 1640 die Regierungsgeschäfte von seinem Vater. Er begann eine Politik der Immigration und der religiösen Toleranz. Vom darauffolgenden Jahr an kam es zur Gründung der Vorstädte Friedrichswerder, Dorotheenstadt und Friedrichstadt.
1671 wurde fünfzig jüdischen Familien aus Österreich ein Zuhause in Berlin gegeben. Mit dem Edikt von Potsdam 1685 lud Friedrich Wilhelm die französischen Hugenotten nach Brandenburg ein. Über 15.000 Franzosen kamen, von denen sich 6.000 in Berlin niederließen. Um 1700 waren 20 Prozent der Berliner Einwohner Franzosen, und ihr kultureller Einfluss war groß. Viele Einwanderer kamen außerdem aus Böhmen, Polen und Salzburg.
1701 erlangte Berlin durch die Krönung Friedrich I. zum König in Preußen den Status der Hauptstadt. Zum 1. Januar 1710 erfolgte die Vereinigung der Städte Berlin, Cölln, Friedrichswerder, Dorotheenstadt und Friedrichstadt zur Königlichen Haupt- und Residenzstadt Berlin. Aber schon bald entstanden neue Vorstädte, die Berlin vergrößerten. 1861 kam es zur Eingemeindung von Wedding und Moabit sowie der Tempelhofer, der Schöneberger, der Spandauer und weiterer Vorstädte. 1871 wurde Berlin dann Hauptstadt des neu gegründeten Deutschen Reiches.