Berlin liegt im Zentrum des Bundeswasserstraßengebietes Ost. Die Stadt wird wasserseitig auf mehreren Wegen erschlossen, der Binnenschifffahrt stehen von und nach Berlin drei Wasserstraßen zur Verfügung. Dabei kommt der Verbindung über Havel, Elbe-Havel-Kanal und Mittellandkanal zu Elbe und Nordsee bzw. Weser und Rhein die größte Bedeutung zu. Außerdem verbindet die Havel-Oder-Wasserstraße Berlin mit der unteren Oder und der Ostsee. Beschränkt ausgebaut und weniger stark frequentiert ist auch die Spree-Oder-Wasserstraße als Verbindung über die Spree zur oberen Oder und nach Schlesien.
Zum Warenumschlag können vier Hafenanlagen genutzt werden: der Osthafen, der Hafen Neukölln, der Südhafen sowie der Westhafen. Letzterer liegt in Moabit am Nordrand der Berliner Innenstadt und ist von allen vier Häfen der größte und bedeutendste. Seine Anlagen umfassen auch ein Fracht- und Logistikzentrum, das den Warenumschlag zwischen Binnenschiff, Eisenbahn und Lastwagen ermöglicht. Betrieben werden die Häfen von der BEHALA. Die verschiedenen Anlagen an Havel, Spree und den Verbindungskanälen machen Berlin zusammengenommen zum zweitgrößten Binnenhafen Deutschlands.