Der Name Bogotá stammt von dem einheimischen Wort Bacatá ab, Name der Hauptstadt der Zipa Konfederation der Muisca Zivilisation. Die Gegend in der heutzutage die Stadt liegt war unter dem Namen Muequetá bekannt. Bogotá hat aber eine vielzahl an Namensänderungen hinter sich. So war es auch als Thybzacá oder Teusacá bekannt, aus dem das heutige Teusaquillo, ein Stadtteil, entstanden ist. [2]
Als Jiménez de Quesada die Stadt gründete gab er ihr den Namen Nuestra Señora de la Esperanza, was sich aber während der juristischen Gründung 1539 in Santafé oder Santa Fe änderte. Als Santafé de Bogotá war die Stadt in der Kolonialzeit nicht bekannt, setzte sich daher aber durch um sie von der Vielzahl an weiteren Santafés zu unterscheiden durch. Als Bogotá war zu dieser Zeit die Siedlung Funza bekannt. Nach der Unabhängigkeit von Spanien und der Gründung der Republik wird die Hauptstadt Bogotá genannt und das ehemalige Bogotá wird Funza.[2]
Die erneuerte Verfassung Kolumbiens von 1991 gab der Stadt wieder den offiziellen Namen Santafé de Bogotá.