Die Hauptstadt befindet sich im Gebiet der kolumbianischen Anden. Diese zeigen eine charakteristische Aufspaltung in drei Kordilleren: West-, Zentral- und Ostkordillere. Zwischen sie schieben sich in Fortsetzung der kleineren Hochbecken des südlichen Teils tiefe Längssenken ein, die von Río Magdalena und Río Cauca entwässert werden.
In ihrem oberen Abschnitt werden diese Flüsse von den zum Teil noch vulkanischen Kordillerenketten begleitet, deren Ausläufer sie in Engtälern durchbrechen müssen; im Unterlauf durchziehen sie breite Tiefländer. Sind im Süden die Hochtäler Zentren der Besiedlung, so weiter nördlich die stärker zergliederten Gebirge. Hier liegen auch die für die Wirtschaft des Landes wichtigsten Distrikte mit der Landeshauptstadt Bogotá. Hauptprodukt dieses Gebietes ist der Kaffee. Die Höhengliederung lässt den Anbau sehr vielfältiger Kulturpflanzen zu.
Da sich die Stadt auf der tektonischen Platte von Südamerika befindet, erlebt sie auch hin und wieder Erdbeben. Diese und einige Brände führten in den Jahren 1785, 1827, 1917 und 1948 dazu, dass ein Großteil der Bauten aus der Kolonialzeit nicht mehr erhalten sind.[2]