Bogotá wurde am 6. August 1538 am Ort der Chibcha-Stadt Bacatá (hochgelegenes Feld) von Gonzalo Jiménez de Quesada offiziell neu gegründet. Er gab ihr den Namen Santa Fe, benannt nach seinem Heimatort Granada (Spanien). Kurz danach wurde de Bogotá, abgeleitet vom ursprünglichen indianischen Bacatá, angehängt, so dass der endgültige Name der Stadt Santa Fe de Bogotá lautete.
Im selben Jahr erreichte von Süden her auch eine weitere spanische Expedition unter Sebastian de Benalcazar, dem Neugründer von Quito, und von Osten her ein dritter Zug unter dem Welser-Hauptmann Nikolaus Federmann aus Augsburg das Chibcha-Reich und die Hochebene von Bogotá. Sie beanspruchten Rechte, erhielten von Quesada jedoch nur eine Abfindung und verließen die neugegründete Stadt. Quesada gründete die Stadt dann auch formell und juristisch im April 1539 mit Nikolaus Federmann und Sebastián de Belalcázar.