Am 5. Juli 1991 erfolgte mit der Eingemeindung des Vorortes Sumapaz nach Bogotá auch die Umbenennung des Distrito Especial in Distrito Capital und dessen Ausgliederung aus der Provinz Cundinamarca. In den 1990er Jahren wurde Bogotá zum Ziel der Drogenkartelle. Es wurden viele Terrorattentate in der Stadt verübt, unter anderen Bomben in Einkaufszentren und dem Hauptgebäude des „DAS“ (des Staatssicherheitsdienstes). Diese Attentate rissen Hunderte von Unbeteiligten in den Tod, und der Drogenkrieg wurde intensiver. Dieses Jahrzehnt wurde durch den Tod des Drogenbarons José Gonzalo Rodriguez Gacha, alias der Mexikaner, durch die Sicherheitsdienste des Staates besiegelt.
Nach der Auflösung des M-19 durch dessen Führer Carlos Pizarro Leóngomez stellte sich dieser als Präsidentschaftskandidat zur Wahl, wurde aber während eines Linienflugs ermordet. Die Stadt änderte sich darauf hin unter dem Einfluss der Bürgermeister Jaime Castro, Antanas Mockus und Enrique Peñalosa. Im Jahre 2000 wurde der Bau des TransMilenio gestartet. Im gleichen Jahr wurde Antanas Mockus zum zweiten Mal Bürgermeister der Stadt, gefolgt von Eduardo Garzon, der 2003 als erster sozialistischer Bürgermeister Bogotás das Amt antrat.