Bogotá ist das Bildungszentrum des Landes und beheimatet mehrere Universitäten von Rang wie die Universidad Externado de Colombia, Universidad Javeriana, Universidad Santo Tomás, Universidad de los Andes, Universidad del Rosario, Universidad Nacional de Colombia und viele andere Bildungseinrichtungen und Bibliotheken. Im Palacio de San Carlos wurde von den Jesuiten 1777 die erste öffentliche Bibliothek Amerikas eröffnet.
Die Universidad Nacional de Colombia ist die erste öffentliche und staatliche Universität Kolumbiens. Sie wurde am 22. September 1867 mit sechs Studiengängen gegründet. Zwischen 1903 und 1940 wurden weitere 20 Studiengänge hinzugefügt und 1967 die ersten Master-Studiengänge angeboten; 1986 vergab die Universität ihre ersten Doktortitel.
Außerdem sind folgende Universitäten in Bogotá angesiedelt: Universidad de los Andes, Universidad Javeriana, Universidad de la Sabana, Universidad Distrital, Universidad Autónoma de Colombia, Universidad Pedagógica Nacional, Escuela Colombiana de Ingeniería, Universidad Central, Universidad La Gran Colombia, Universidad Libre und Universidad Jorge Tadeo Lozano.
Die Universitäten werden sowohl vom Staat als auch privat betrieben. Technische Abschlüsse werden nach drei Jahren, Graduierte (vergleichbar mit Bachelor) nach vier und Diplome nach fünf Jahren vergeben. Ergänzend werden Master- und Doktortitel, letztere nur durch staatlich anerkannte Institutionen, angeboten.
Die deutsche Sprache wird sowohl am Goethe-Institut als auch in der deutschen Schule Colegio Andino gelehrt.